Arrêt maladie en intérim : droits, IJSS et démarches en 2026

En arrêt maladie en intérim, les IJSS de la Sécurité sociale sont versées dès le 4e jour, après une carence de 3 jours. Adressez les volets 1 et 2 à la CPAM et le volet 3 à votre agence (ETT) sous 48 heures. Le contrat est suspendu, non rompu. Maximum : 42,97 € brut/jour depuis le 1er juillet 2026.

Tomber malade pendant une mission d'intérim pose des questions concrètes que la plupart des salariés ne savent pas résoudre seuls : à qui envoyer l'arrêt, qui calcule les indemnités, et que devient le contrat si la mission devait se terminer dans deux semaines ?

La relation triangulaire du travail temporaire complique chaque étape. L'entreprise de travail temporaire (ETT) est l'employeur juridique, mais c'est dans les locaux de l'entreprise utilisatrice que le salarié travaillait. La CPAM, elle, est un troisième acteur qui verse les indemnités sans connaître la structure de la mission. Résultat : les erreurs de circuit s'accumulent, les délais sont manqués, et les indemnités tardent.

En cas d'arrêt maladie pendant une mission d'intérim, le salarié a droit aux indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS) à partir du 4e jour d'arrêt pour une maladie non professionnelle, après un délai de carence de 3 jours. L'ETT reste l'employeur juridique et doit recevoir le volet 3 de l'avis d'arrêt dans les 48 heures, tandis que les volets 1 et 2 sont adressés à la CPAM. Le contrat est suspendu, non rompu, et l'ETT ne peut pas y mettre fin du seul fait de la maladie. Depuis la réforme d'avril 2025, le salaire pris en compte pour calculer les IJSS est plafonné à 1,4 fois le SMIC mensuel, soit 2 613,83 euros brut depuis le 1er juillet 2026, avec un maximum journalier de 42,97 euros brut.

La relation de travail temporaire repose sur trois parties aux responsabilités bien délimitées. Confondre leurs rôles est la première source d'erreur en gestion de paie comme dans les échanges avec la CPAM.

Cette architecture est posée par les articles L1251-1 et suivants du Code du travail. En pratique, beaucoup de salariés intérimaires envoient leur arrêt à l'entreprise utilisatrice et oublient l'agence. Résultat : l'attestation de salaire n'est pas établie dans les temps, et le versement des IJSS est retardé de plusieurs semaines.

Notre lecture : le point de friction n'est pas le calcul des IJSS, il est mécanique une fois les éléments de salaire déclarés. Le point de friction est la transmission. L'attestation de salaire que l'ETT doit adresser à la CPAM par signalement en DSN arrive en retard chaque fois que le salarié n'a transmis ses volets qu'à l'entreprise utilisatrice, ou que l'agence n'a pas de procédure écrite pour ce type d'absence.

Les conditions d'ouverture des droits sont identiques à celles d'un salarié ordinaire. Elles portent sur les heures travaillées ou le montant des cotisations versées au cours des mois précédant l'arrêt.

Pour un arrêt de moins de 6 mois#

Pour percevoir les IJSS pendant les 6 premiers mois d'un arrêt, il faut satisfaire l'une des deux conditions suivantes, dont les périodes de référence ne sont pas les mêmes :

• avoir travaillé au moins 150 heures au cours des 3 mois civils (ou des 90 jours) précédant l'arrêt ;
• ou avoir cotisé sur un salaire au moins égal à 1 015 fois le montant horaire du SMIC au cours des 6 mois précédant l'arrêt.

Cette différence de période est très souvent mal reprise : la condition en heures s'apprécie sur 3 mois, la condition en salaire cotisé sur 6 mois. Pour un intérimaire dont l'activité est irrégulière, c'est la seconde qui sauve parfois le dossier.

Pour un arrêt de plus de 6 mois#

Au-delà de 6 mois, les exigences augmentent. Il faut avoir travaillé au moins 600 heures ou cotisé sur un salaire équivalent à 2 030 fois le SMIC horaire au cours des 12 derniers mois, et être affilié à la Sécurité sociale depuis au moins 12 mois.

Pour les intérimaires enchaînant des missions courtes, le seuil de 150 heures sur 3 mois mérite une vérification préalable. Une mission de deux semaines précédant l'arrêt peut ne pas suffire si les mois précédents étaient inactifs.

C'est le point le plus méconnu depuis la réforme d'avril 2025, issue du décret n° 2025-160 du 20 février 2025 (JO du 21 février 2025). Le plafond de calcul des IJSS a été abaissé de 1,8 fois le SMIC mensuel à 1,4 fois le SMIC mensuel, pour les indemnités versées au titre des arrêts de travail débutant à compter du 1er avril 2025. Cette modification change concrètement le montant perçu par tout salarié gagnant plus de 2 552,24 euros brut par mois (arrêts prescrits de février à juin 2026), seuil porté à 2 613,83 euros brut depuis le 1er juillet 2026.

Le mécanisme de calcul étape par étape#

Lorsque le salaire est réglé mensuellement et que le travail est continu, le salaire journalier de base (SJB) se calcule ainsi :

1. Additionner les salaires bruts des 3 mois précédant l'arrêt (ou de la durée réelle de la mission si elle est plus courte).
2. Diviser par 91,25 pour obtenir le salaire moyen journalier.
3. Retenir ce résultat dans la limite du plafond de 1,4 SMIC : 2 552,24 euros brut/mois pour les arrêts prescrits de février à juin 2026, 2 613,83 euros brut/mois depuis le 1er juillet 2026.
4. Multiplier par 50 % pour une maladie non professionnelle, les IJSS étant versées à partir du 4e jour.

Travail non continu : la règle du 1/365 sur douze mois#

C'est la règle que les articles généralistes oublient, alors qu'elle vise directement l'intérimaire qui enchaîne des missions entrecoupées de périodes sans contrat. L'article R323-4 du Code de la sécurité sociale prévoit, à son 3°, que lorsque le travail n'est pas continu ou présente un caractère saisonnier, le revenu d'activité antérieur servant de base aux indemnités est égal à 1/365 du revenu des douze mois civils antérieurs à la date de l'interruption de travail, et non à 1/91,25 des trois derniers mois.

Deux régimes coexistent donc, et le choix n'appartient pas au salarié :

La question à se poser avant tout calcul n'est donc pas seulement « combien ai-je gagné ces trois derniers mois ? », mais « mon activité a-t-elle été continue sur la période ? ». Les deux méthodes donnent des résultats très différents lorsque l'année comporte des creux d'activité, dans un sens comme dans l'autre : trois mois pleins suivant six mois d'inactivité produisent un SJB élevé sur 91,25 et bien plus bas sur 365.

Accident du travail et maladie professionnelle : un calcul distinct#

Les IJSS d'accident du travail ou de maladie professionnelle ne suivent pas ce mécanisme. La base est le salaire du mois précédant l'arrêt divisé par 30,42, et l'indemnité est versée à partir du lendemain du jour de l'accident, la journée de l'accident restant intégralement à la charge de l'employeur. Le taux est de 60 % les 28 premiers jours, puis 80 % à compter du 29e jour, sans délai de carence.

Le plafond mensuel de la Sécurité sociale 2026 (PMSS) est fixé à 4 005 euros par l'arrêté du 22 décembre 2025 (PASS annuel 2026 : 48 060 euros). Ce chiffre sert de référence pour de nombreuses cotisations sociales, mais il ne constitue plus le plafond direct du salaire journalier de base des IJSS maladie depuis la réforme de 2025.

Exemple chiffré : deux profils comparés#

Profil A : intérimaire à 2 800 euros brut/mois

Salaire brut des 3 derniers mois : 3 x 2 800 = 8 400 euros. SJB théorique : 8 400 / 91,25 = 92,05 euros/jour. Mais le salaire retenu est plafonné à 2 552,24 euros/mois (1,4 x SMIC pour les arrêts prescrits de février à juin 2026), soit un SJB plafonné à (2 552,24 x 3) / 91,25 = 83,91 euros/jour. IJSS maladie : 83,91 x 50 % = 41,95 euros brut/jour. Pour un arrêt prescrit depuis le 1er juillet 2026, le même calcul mené avec le plafond de 2 613,83 euros donne 85,93 euros de SJB et 42,97 euros brut/jour.

Profil B : intérimaire à 2 200 euros brut/mois

Salaire brut des 3 derniers mois : 3 x 2 200 = 6 600 euros. SJB : 6 600 / 91,25 = 72,33 euros/jour. Ce profil n'est pas affecté par le plafond. IJSS maladie : 72,33 x 50 % = 36,16 euros brut/jour.

La réforme pénalise uniquement les salaires supérieurs au plafond de 1,4 SMIC. Pour un technicien ou un cadre intérimaire à 3 000 euros brut/mois, l'IJSS aurait atteint 3 000 x 3 / 91,25 x 50 % = 49,32 euros/jour sous le régime antérieur, ce salaire restant sous l'ancien plafond de 1,8 SMIC. L'écart réel est donc de 7,37 euros par jour pour un arrêt prescrit de février à juin 2026 (49,32 moins 41,95) et de 6,35 euros par jour depuis le 1er juillet 2026 (49,32 moins 42,97).

IJSS maladie 2026 : montants, carence et taux en vigueur#

Ces montants intègrent la revalorisation du SMIC du 1er juin 2026 : depuis le 1er juillet 2026, le plafond 1,4 SMIC et le maximum journalier ont été relevés.

Sources : Ameli et Service-public.gouv.fr (revalorisation du 1er juillet 2026).

La procédure suit un circuit précis. Respecter l'ordre et les délais conditionne directement le versement des indemnités.

1. Consulter un médecin qui établit un arrêt de travail en trois volets.
2. Envoyer les volets 1 et 2 à la CPAM dans les 48 heures (via le compte Ameli en ligne ou par courrier recommandé). Leur réception par la CPAM déclenche l'ouverture du droit aux IJSS.
3. Transmettre le volet 3 à l'agence d'intérim (ETT) dans le même délai de 48 heures. En cas de télétransmission de l'arrêt par le médecin, seul ce volet 3 reste à envoyer. L'ETT doit ensuite établir l'attestation de salaire à destination de la CPAM, par un signalement d'arrêt de travail en DSN événementielle. Pour les attestations non subrogées, ce signalement doit être transmis dans les 5 jours suivant la connaissance de l'arrêt : sans lui, la caisse ne dispose d'aucun élément de salaire et l'indemnité journalière ne peut pas être liquidée.
4. Informer l'entreprise utilisatrice par courriel ou téléphone, pour la réorganisation du poste. Cette démarche n'a pas de valeur juridique formelle, mais elle évite les tensions et les malentendus sur la disponibilité.
5. En cas de prolongation, refaire le même circuit à chaque renouvellement : volets 1 et 2 à la CPAM, volet 3 à l'ETT.

Le non-respect du délai de 48 heures n'entraîne pas de retenue automatique, contrairement à une idée répandue. Au premier envoi tardif, la caisse adresse un courrier informant du retard constaté et de la sanction encourue. La réduction de 50 % ne s'applique qu'en cas de nouvel envoi tardif dans les 24 mois, et seulement sur les indemnités journalières de la période comprise entre la date de prescription de l'arrêt et la date d'envoi. Elle est écartée en cas d'hospitalisation ou d'impossibilité justifiée. La déclaration via le compte Ameli en ligne reste la plus rapide et laisse une trace consultable.

C'est la question qui génère le plus d'inquiétude chez les intérimaires. La réponse dépend du moment auquel l'arrêt survient par rapport à la date de fin de mission.

Un point souvent mal compris : la fin normale d'un contrat de mission n'est pas une rupture anticipée. Le contrat s'est exécuté jusqu'à son terme contractuel. Ce sont la rupture anticipée à l'initiative du salarié, la faute grave et la force majeure qui remettent en cause le droit à l'indemnité de fin de mission, jamais l'arrêt maladie en lui-même.

Arrêt et fin de mission : ce qui change selon le moment#

Les mêmes questions reviennent systématiquement lorsqu'un arrêt de travail croise la date de fin de mission. Les réponses ne dépendent pas de la durée de l'arrêt, mais de la place qu'il occupe par rapport au terme prévu au contrat.

Un point mérite d'être anticipé : l'assiette des 10 % est la rémunération brute due. Les jours d'arrêt que l'agence ne rémunère pas ne l'alimentent pas. Un arrêt long en fin de mission réduit donc l'indemnité de précarité, sans jamais la supprimer.

L'indemnité de fin de mission : que dit la loi ?#

L'indemnité de fin de mission, aussi appelée indemnité de précarité, représente au minimum 10 % de la rémunération totale brute due au salarié pendant la mission (article L1251-32 du Code du travail). Elle est due à la fin de toute mission, sauf dans les cas prévus par la loi : contrats conclus au titre du 3° de l'article L1251-6 (saisonniers et secteurs d'usage), portage salarial, rupture anticipée à l'initiative du salarié, faute grave, force majeure, et embauche immédiate en contrat à durée indéterminée par l'entreprise utilisatrice.

Ce cadre est celui du travail temporaire, où l'entreprise de travail temporaire demeure l'employeur du salarié qu'elle place chez l'utilisateur. Lorsqu'une entreprise met directement l'un de ses propres salariés à la disposition d'une autre, sans passer par une agence d'intérim, l'opération obéit à des règles différentes, avec ses propres conditions de validité et ses propres sanctions : voir la mise à disposition d'un salarié à une autre entreprise.

Un arrêt maladie ne supprime pas ce droit dès lors que la mission atteint son terme initial. En revanche, l'assiette étant la rémunération brute due, les jours d'arrêt non rémunérés par l'agence ne l'alimentent pas : plus l'arrêt est long, plus l'indemnité finale est mécaniquement réduite. C'est un point rarement expliqué et pourtant décisif sur une mission longue interrompue par un arrêt.

Au-delà des IJSS, certains intérimaires peuvent prétendre à un complément de rémunération versé par l'ETT. Ce complément dépend de la convention collective de branche applicable à l'agence et de conditions d'ancienneté que les salariés ignorent souvent.

La convention collective nationale du travail temporaire contient des dispositions spécifiques sur l'incapacité de travail. Les conditions exactes, notamment les seuils d'ancienneté et les taux de maintien de salaire, varient et doivent être vérifiées dans le texte de la convention applicable à chaque ETT.

Ce qu'il faut vérifier concrètement#

• Quelle convention collective s'applique à votre agence ? (mentionnée sur le bulletin de salaire)
• Y a-t-il une prévoyance collective souscrite par l'agence ? (certaines agences couvrent le relais des IJSS)
• Votre ancienneté dans l'agence est-elle calculée en continu ou par cumul de missions ?

En l'absence de complément conventionnel ou de prévoyance, l'intérimaire ne perçoit que les IJSS. Le niveau de couverture peut donc varier sensiblement d'une agence à l'autre.

Spécificité intérim à connaître : l'article L1226-1 du Code du travail (maintien légal de salaire de la loi de mensualisation) exclut expressément les salariés temporaires, au même titre que les saisonniers, intermittents et travailleurs à domicile. Le barème « 90 % puis 66,66 % » de l'article D1226-1 ne s'applique donc pas à l'intérimaire : son éventuel complément relève des accords de branche du travail temporaire ou d'un contrat de prévoyance, et non du maintien légal. À vérifier au cas par cas dans la convention collective et la prévoyance de l'agence.

Pendant la suspension du contrat pour arrêt maladie, l'ETT ne peut pas rompre le contrat du seul fait de l'absence. Pour un contrat de mission, l'article L1251-26 du Code du travail n'ouvre que deux portes :

• la faute grave du salarié, non liée à l'état de santé ;
• le cas de force majeure.

Hors ces deux cas, l'entreprise de travail temporaire qui rompt le contrat avant son terme doit proposer un nouveau contrat de mission prenant effet dans un délai maximum de trois jours ouvrables ; à défaut, elle doit verser au salarié la rémunération qu'il aurait perçue jusqu'au terme prévu, à laquelle s'ajoute l'indemnité de fin de mission. L'article L1251-27 précise en outre que la rupture du contrat de mise à disposition, autrement dit l'annulation de la mission par l'entreprise utilisatrice, ne constitue pas un cas de force majeure : le client qui renonce à l'intérimaire ne libère pas l'agence de ses obligations.

Le raisonnement est différent pour un CDI intérimaire, qui est un contrat à durée indéterminée : sa rupture obéit au droit du licenciement, où un motif étranger à la maladie peut être invoqué. Plaquer ce régime sur un contrat de mission est l'erreur la plus fréquente sur ce sujet. Si une ETT met fin à une mission au seul motif de l'absence pour maladie, le salarié peut contester cette décision devant le conseil de prud'hommes.

La liste est courte, mais son respect est non négociable pour ne pas perdre ses droits :

• Volets 1 et 2 de l'arrêt de travail envoyés à la CPAM dans les 48 heures
• Volet 3 transmis à l'ETT dans les 48 heures
• Certificat de prolongation (même circuit) à chaque renouvellement
• Certificat de reprise remis à l'ETT et à l'entreprise utilisatrice avant reprise
• Attestation de salaire : établie par l'ETT via le signalement d'arrêt en DSN, dans les 5 jours suivant la connaissance de l'arrêt pour une attestation non subrogée (relancer l'agence si le délai passe)

Le schéma d'échec est toujours le même, et il est administratif, pas juridique. Le salarié envoie son arrêt à l'entreprise utilisatrice, qui le fait circuler en interne sans alerter l'ETT dans le délai. L'ETT n'émet pas son signalement d'arrêt en DSN dans les 5 jours. La caisse, faute d'éléments de salaire, ne peut pas liquider l'indemnité. Le salarié attend, et rien dans le circuit ne signale l'anomalie tant qu'il ne relance pas lui-même son agence.

Le second point à contrôler porte sur le complément conventionnel. Les conditions d'ancienneté peuvent être appliquées de façon restrictive, en ne comptabilisant pas les périodes de missions successives. La méthode consiste à reprendre le texte de la convention collective applicable à l'agence, à vérifier comment il définit l'ancienneté, puis à confronter cette définition au relevé complet des missions effectuées.

Pour les entreprises utilisatrices qui font appel à de nombreux intérimaires, notre service social et paie Paris peut couvrir l'audit de ces processus et la mise en place d'une procédure documentée. Voir aussi nos articles sur l'externalisation des paies et sur les avantages et inconvénients du mi-temps thérapeutique, qui soulèvent des problématiques de circuit administratif similaires. La gestion des frais professionnels en intérim, notamment lors des déplacements de mission, est un autre sujet fréquemment mal traité.

La réforme du plafond des IJSS (1,4 x SMIC au lieu de 1,8 x) résulte du décret n° 2025-160 du 20 février 2025 et s'applique aux indemnités journalières versées au titre des arrêts de travail débutant à compter du 1er avril 2025. Elle réduit mécaniquement le montant des IJSS pour tout salarié dont le salaire brut mensuel dépasse le plafond de 1,4 SMIC, soit 2 552,24 euros pour les arrêts de février à juin 2026 et 2 613,83 euros depuis le 1er juillet 2026. Pour un intérimaire qualifié à 3 000 euros brut/mois, l'écart avec le régime antérieur atteint 6,35 euros par jour d'arrêt depuis le 1er juillet 2026.

Le PMSS 2026 est fixé à 4 005 euros (PASS 2026 : 48 060 euros) par l'arrêté du 22 décembre 2025. Ce plafond sert de référence pour les cotisations sociales, mais n'est plus le plafond direct du salaire journalier de base des IJSS maladie.

Consultez également notre article sur la paie sociale et la rémunération pour d'autres sujets liés à la gestion des salariés.

À jour au 2026-07-17. Cet article informe et ne se substitue pas à un conseil personnalisé. Pour votre situation, contactez un expert-comptable inscrit à l'Ordre.