Arrêt maladie en intérim : comment lire ses droits ?

Mise à jour du 30 mars 2026 - L'arrêt maladie en intérim est une situation fréquente qui soulève des questions précises : qui paie, combien, et pendant combien de temps ? En 2026, plus de 2,5 millions de contrats d'intérim sont signés chaque trimestre en France, et près de 15 % d'entre eux sont interrompus pour cause de maladie. Comprendre ses droits évite les ruptures de revenus et les erreurs de paie.

En cas d'arrêt maladie pendant une mission d'intérim, le salarié intérimaire a droit aux indemnités journalières de la Sécurité sociale dès le premier jour d'arrêt, sous condition d'ancienneté minimale. L'entreprise de travail temporaire (ETT) reste l'employeur juridique et doit être informée dans les 48 heures. Aucune sanction ni rupture anticipative ne peut être prononcée du seul fait de l'arrêt.

Pour compléter votre lecture, consultez nos articles Social, paie et rémunération, Externalisation des paies et Avantages et inconvénients mi-temps thérapeutique.

La particularité du travail temporaire repose sur une relation triangulaire. Il est essentiel de bien distinguer les rôles :

• L'entreprise de travail temporaire (ETT) : c'est votre employeur juridique. C'est elle qui vous paie, qui déclare votre arrêt à la CPAM et qui traite les indemnités complémentaires éventuelles.
• L'entreprise utilisatrice : elle définit vos missions au quotidien mais n'est pas votre employeur. Elle ne gère pas votre arrêt maladie ni votre rémunération.
• La CPAM (Assurance maladie) : elle verse les indemnités journalières (IJSS) après réception du volet 3 de l'arrêt de travail.

Conseil Hayot Expertise : dès qu'un arrêt maladie intervient en intérim, il faut reconstituer la chronologie précise de la mission et des transmissions. C'est souvent là que se joue la bonne lecture des droits.

Cette répartition des rôles est confirmée par le Code du travail (articles L1251-1 et suivants) et rappelée régulièrement par Service-Public.fr.

La procédure est similaire à celle d'un salarié en CDI, mais avec des acteurs supplémentaires à prévenir :

1. Consultez votre medecin qui etablira un arret de travail en trois volets.
2. Envoyez le volet 3 a votre CPAM dans les 48 heures suivant l'arret (via votre compte Ameli ou par courrier).
3. Transmettez les volets 1 et 2 a votre agence d'interim dans le même délai de 48 heures.
4. Informez egalement l'entreprise utilisatrice par courriel ou telephone, pour qu'elle puisse reorganiser le poste.

Le non-respect du délai de 48 heures peut entraîner une retenue sur les indemnités journalières. En 2026, la déclaration en ligne via le compte Ameli est le canal le plus rapide et le plus fiable.

Le niveau d'indemnisation depend de plusieurs facteurs cumules :

Les indemnites journalieres de la Sécurité sociale (IJSS)#

Elles sont calculées sur la base du salaire brut des trois derniers mois (ou de la durée effective de la mission si elle est plus courte). Le montant journalier est egal a :

• 50 % du salaire journalier de base à partir du 4e jour d'arrêt pour une maladie non professionnelle ;
• 60 % du salaire journalier de base dès le 1er jour en cas d'accident du travail ou de maladie professionnelle.

Le salaire journalier de base est plafonne au plafond mensuel de la Sécurité sociale (PMSS 2026 : 3 924 euros).

Les indemnites complémentaires#

Certaines conventions collectives du travail temporaire prévoient un complément de rémunération. Il faut vérifier :

• la convention collective applicable a votre ETT ;
• votre ancienneté dans l'agence (certains droits s'ouvrent après 3 mois de présence) ;
• l'existence d'une prévoyance souscrite par l'agence.

En l'absence de complement conventionnel, l'interimaire ne percoit que les IJSS pendant la durée restante de sa mission.

Que se passe-t-il si la mission se termine pendant l'arret ?#

C'est la question la plus fréquente. La réponse depend du motif de fin de mission :

• Si la mission arrive à son terme normal (date prévue au contrat) : l'arrêt maladie ne prolonge pas automatiquement le contrat. Les IJSS continuent d'être versées par la CPAM tant que l'arrêt est valide.
• Si l'arrêt maladie survient avant la fin prévue : le contrat d'intérim est suspendu, pas rompu. L'ETT ne peut pas licencier un salarié du seul fait de son arrêt maladie.
• Indemnité de fin de mission : elle reste due si la mission s'est déroulée jusqu'à son terme initial, y compris en cas de suspension pour maladie.

La liste des documents à transmettre est précise et son respect conditionne le versement des indemnités :

• Volet 3 de l'arrêt de travail → CPAM (sous 48 h) ;
• Volets 1 et 2 de l'arrêt de travail → Entreprise de travail temporaire (sous 48 h) ;
• Certificats de prolongation → Même circuit, chaque fois que l'arrêt est prolongé ;
• Certificat de reprise → À fournir à l'ETT et à l'entreprise utilisatrice avant de reprendre la mission ;
• Attestation de salaire → Remplie par l'ETT et adressée à la CPAM pour le calcul des IJSS.

Une erreur fréquente consiste à oublier d'informer l'entreprise utilisatrice. Même si elle n'est pas l'employeur, cette information est nécessaire pour la gestion opérationnelle du poste et évite tout malentendu sur la disponibilité du salarié.

Oui. Pendant la période de suspension du contrat pour arrêt maladie, l'ETT ne peut pas rompre le contrat de travail, sauf :

• faute grave non liée à l'état de santé ;
• impossibilité de maintenir le contrat pour un motif étranger à la maladie (par exemple, fermeture définitive de l'agence).

Cette protection est identique à celle dont bénéficient les salariés en CDI ou CDD, conformément à la jurisprudence constante de la Cour de cassation.

Les entreprises utilisatrices et les agences d'intérim sont régulièrement confrontées à des situations complexes : arrêts prolongés, chevauchements de missions, calcul de compléments conventionnels, gestion des reprises médicales.

Notre cabinet accompagne les entreprises dans la mise en conformité de leurs processus RH et paie face à ces situations. Nous vérifions le traitement des absences, la cohérence des bulletins de salaire et la bonne articulation entre les différents acteurs.

Quick link: Structurer vos sujets sociaux et paie

Un arrêt maladie en intérim n'est pas un angle mort juridique. Il demande simplement une lecture plus rigoureuse des rôles, des pièces et des circuits d'information. En respectant les délais de déclaration, en identifiant clairement votre employeur juridique (l'ETT) et en vérifiant vos droits à complément conventionnel, vous évitez les ruptures de revenus et les irrégularités de paie.

Pour les entreprises, la bonne gestion de ces situations repose sur une coordination efficace entre l'agence d'intérim, l'entreprise utilisatrice et les organismes sociaux. Un processus clair et documenté limite les erreurs de traitement et les contentieux.

(Sources officielles : Ameli - Arret de travail pour maladie du salarie, Service-Public - Arret maladie dans le secteur prive, Service-Public - Interim : contrats et droits du salarie)