Arrêt maladie en intérim : droits, IJSS et démarches en 2026

Tomber malade pendant une mission d'intérim pose des questions concrètes que la plupart des salariés ne savent pas résoudre seuls : à qui envoyer l'arrêt, qui calcule les indemnités, et que devient le contrat si la mission devait se terminer dans deux semaines ?

La relation triangulaire du travail temporaire complique chaque étape. L'entreprise de travail temporaire (ETT) est l'employeur juridique, mais c'est dans les locaux de l'entreprise utilisatrice que le salarié travaillait. La CPAM, elle, est un troisième acteur qui verse les indemnités sans connaître la structure de la mission. Résultat : les erreurs de circuit s'accumulent, les délais sont manqués, et les indemnités tardent.

En cas d'arrêt maladie pendant une mission d'intérim, le salarié a droit aux indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS) à partir du 4e jour d'arrêt pour une maladie non professionnelle, après un délai de carence de 3 jours. L'ETT reste l'employeur juridique et doit recevoir les volets 1 et 2 dans les 48 heures. Le contrat est suspendu, non rompu, et l'ETT ne peut pas y mettre fin du seul fait de la maladie. Depuis la réforme d'avril 2025, le salaire pris en compte pour calculer les IJSS est plafonné à 1,4 fois le SMIC mensuel, soit environ 2 552 euros brut en 2026, avec un maximum journalier de 41,95 euros brut.

La relation de travail temporaire repose sur trois parties aux responsabilités bien délimitées. Confondre leurs rôles est la première source d'erreur en gestion de paie comme dans les échanges avec la CPAM.

Cette architecture est posée par les articles L1251-1 et suivants du Code du travail. En pratique, beaucoup de salariés intérimaires envoient leur arrêt à l'entreprise utilisatrice et oublient l'agence. Résultat : l'attestation de salaire n'est pas établie dans les temps, et le versement des IJSS est retardé de plusieurs semaines.

Notre lecture : dans les dossiers que nous traitons pour des agences d'intérim, le problème le plus fréquent n'est pas le calcul des IJSS mais la transmission. L'attestation de salaire que l'ETT doit envoyer à la CPAM est souvent établie en retard, soit parce que le salarié n'a transmis ses volets qu'à l'entreprise utilisatrice, soit parce que l'agence ne dispose pas de procédure formalisée pour ce type de situation.

Les conditions d'ouverture des droits sont identiques à celles d'un salarié ordinaire. Elles portent sur les heures travaillées ou le montant des cotisations versées au cours des mois précédant l'arrêt.

Pour un arrêt de moins de 6 mois#

Pour percevoir les IJSS pendant les 6 premiers mois d'un arrêt, il faut satisfaire l'une des deux conditions suivantes au cours des 3 mois précédant l'arrêt :

• avoir travaillé au moins 150 heures ;
• ou avoir cotisé sur un salaire au moins égal à 1 015 fois le montant horaire du SMIC.

Pour un arrêt de plus de 6 mois#

Au-delà de 6 mois, les exigences augmentent. Il faut avoir travaillé au moins 600 heures ou cotisé sur un salaire équivalent à 2 030 fois le SMIC horaire au cours des 12 derniers mois, et être affilié à la Sécurité sociale depuis au moins 12 mois.

Pour les intérimaires enchaînant des missions courtes, le seuil de 150 heures sur 3 mois mérite une vérification préalable. Une mission de deux semaines précédant l'arrêt peut ne pas suffire si les mois précédents étaient inactifs.

C'est le point le plus méconnu depuis la réforme d'avril 2025. Le plafond de calcul des IJSS a été abaissé de 1,8 fois le SMIC mensuel à 1,4 fois le SMIC mensuel. Cette modification change concrètement le montant perçu par tout salarié gagnant plus de 2 552 euros brut par mois.

Le mécanisme de calcul étape par étape#

Le salaire journalier de base (SJB) se calcule ainsi :

1. Additionner les salaires bruts des 3 mois précédant l'arrêt (ou de la durée réelle de la mission si elle est plus courte).
2. Diviser par 91,25 pour obtenir le salaire moyen journalier.
3. Appliquer ce résultat dans la limite du plafond : 2 552 euros brut/mois depuis février 2026 (1,4 x SMIC).
4. Multiplier par le taux : 50 % pour une maladie non professionnelle (à partir du 4e jour), 60 % pour un accident du travail ou maladie professionnelle (dès le 1er jour).

Le plafond mensuel de la Sécurité sociale 2026 (PMSS) est fixé à 4 005 euros par l'arrêté du 22 décembre 2025 (PASS annuel 2026 : 48 060 euros). Ce chiffre sert de référence pour de nombreuses cotisations sociales, mais il ne constitue plus le plafond direct du salaire journalier de base des IJSS maladie depuis la réforme de 2025.

Exemple chiffré : deux profils comparés#

Profil A — intérimaire à 2 800 euros brut/mois

Salaire brut des 3 derniers mois : 3 x 2 800 = 8 400 euros. SJB théorique : 8 400 / 91,25 = 92,05 euros/jour. Mais le salaire est plafonné à 2 552 euros/mois (1,4 x SMIC février 2026), soit un SJB plafonné à (2 552 x 3) / 91,25 = 83,93 euros/jour. IJSS maladie : 83,93 x 50 % = 41,97 euros, arrondi au plafond légal de 41,95 euros brut/jour.

Profil B — intérimaire à 2 200 euros brut/mois

Salaire brut des 3 derniers mois : 3 x 2 200 = 6 600 euros. SJB : 6 600 / 91,25 = 72,33 euros/jour. Ce profil n'est pas affecté par le plafond. IJSS maladie : 72,33 x 50 % = 36,16 euros brut/jour.

La réforme pénalise uniquement les salaires supérieurs à 2 552 euros brut/mois. Pour un technicien ou un cadre intérimaire à 3 000 euros, la perte par rapport au régime antérieur (1,8 x SMIC) est de l'ordre de 4 à 6 euros par jour d'arrêt.

La procédure suit un circuit précis. Respecter l'ordre et les délais conditionne directement le versement des indemnités.

1. Consulter un médecin qui établit un arrêt de travail en trois volets.
2. Envoyer le volet 3 à la CPAM dans les 48 heures (via le compte Ameli en ligne ou par courrier recommandé). Ce volet déclenche l'ouverture du droit aux IJSS.
3. Transmettre les volets 1 et 2 à l'agence d'intérim (ETT) dans le même délai de 48 heures. L'ETT doit ensuite établir l'attestation de salaire à destination de la CPAM.
4. Informer l'entreprise utilisatrice par courriel ou téléphone, pour la réorganisation du poste. Cette démarche n'a pas de valeur juridique formelle, mais elle évite les tensions et les malentendus sur la disponibilité.
5. En cas de prolongation, refaire le même circuit à chaque renouvellement : volet 3 à la CPAM, volets 1 et 2 à l'ETT.

Le non-respect du délai de 48 heures peut entraîner une retenue sur les IJSS de la part de la CPAM. La déclaration via le compte Ameli en ligne reste la plus rapide et laisse une trace consultable.

C'est la question qui génère le plus d'inquiétude chez les intérimaires. La réponse dépend du moment auquel l'arrêt survient par rapport à la date de fin de mission.

Un point souvent mal compris : la fin normale d'un contrat de mission n'est pas une rupture anticipée. Le contrat s'est exécuté jusqu'à son terme contractuel. C'est seulement si le salarié met lui-même fin au contrat que le droit à l'indemnité de fin de mission peut être remis en question.

L'indemnité de fin de mission : que dit la loi ?#

L'indemnité de fin de mission, aussi appelée indemnité de précarité, représente au minimum 10 % de la rémunération totale brute versée pendant la mission (article L1251-32 du Code du travail). Elle est due à la fin de toute mission, sauf exceptions légales : embauche en CDI chez l'entreprise utilisatrice, ou rupture à l'initiative du salarié sans motif légitime. Un arrêt maladie ne supprime pas ce droit, à condition que la mission ait atteint son terme initial.

Au-delà des IJSS, certains intérimaires peuvent prétendre à un complément de rémunération versé par l'ETT. Ce complément dépend de la convention collective de branche applicable à l'agence et de conditions d'ancienneté que les salariés ignorent souvent.

La convention collective nationale du travail temporaire contient des dispositions spécifiques sur l'incapacité de travail. Les conditions exactes, notamment les seuils d'ancienneté et les taux de maintien de salaire, varient et doivent être vérifiées dans le texte de la convention applicable à chaque ETT.

Ce qu'il faut vérifier concrètement#

• Quelle convention collective s'applique à votre agence ? (mentionnée sur le bulletin de salaire)
• Y a-t-il une prévoyance collective souscrite par l'agence ? (certaines agences couvrent le relais des IJSS)
• Votre ancienneté dans l'agence est-elle calculée en continu ou par cumul de missions ?

En l'absence de complément conventionnel ou de prévoyance, l'intérimaire ne perçoit que les IJSS. Le niveau de couverture peut donc varier sensiblement d'une agence à l'autre.

Pendant la suspension du contrat pour arrêt maladie, l'ETT ne peut pas rompre le contrat de travail. Deux exceptions subsistent :

• Faute grave non liée à l'état de santé (vol, insubordination caractérisée, etc.) ;
• Motif étranger à la maladie rendant impossible le maintien du contrat (fermeture définitive de l'agence, par exemple).

Cette protection s'applique que le contrat soit un CDI intérimaire ou un contrat de mission. La Cour de cassation l'a rappelé à plusieurs reprises : le seul fait de l'arrêt maladie ne peut justifier une rupture anticipée. Si une ETT tente de mettre fin à la mission au seul motif de l'absence pour maladie, le salarié peut contester cette décision devant le conseil de prud'hommes.

La liste est courte, mais son respect est non négociable pour ne pas perdre ses droits :

• Volet 3 de l'arrêt de travail envoyé à la CPAM dans les 48 heures
• Volets 1 et 2 transmis à l'ETT dans les 48 heures
• Certificat de prolongation (même circuit) à chaque renouvellement
• Certificat de reprise remis à l'ETT et à l'entreprise utilisatrice avant reprise
• Attestation de salaire : établie et envoyée par l'ETT à la CPAM — ne pas hésiter à relancer l'agence si elle tarde

Nous accompagnons plusieurs agences et entreprises utilisatrices dans la gestion de leurs processus paie. Le schéma d'erreur le plus courant se répète : le salarié envoie son arrêt uniquement à l'entreprise utilisatrice, qui le transmet en interne sans informer l'ETT dans les délais. L'ETT n'établit pas l'attestation de salaire à temps, la CPAM attend, et le salarié se retrouve sans indemnités pendant trois à quatre semaines.

La deuxième erreur récurrente porte sur le calcul du complément conventionnel. Certaines agences appliquent les conditions d'ancienneté de façon restrictive, en ne comptabilisant pas les périodes de missions successives. Une lecture précise de la convention applicable corrige souvent cette interprétation en faveur du salarié.

Pour les entreprises utilisatrices qui font appel à de nombreux intérimaires, notre service social et paie Paris peut couvrir l'audit de ces processus et la mise en place d'une procédure documentée. Voir aussi nos articles sur l'externalisation des paies et sur les avantages et inconvénients du mi-temps thérapeutique, qui soulèvent des problématiques de circuit administratif similaires. La gestion des frais professionnels en intérim, notamment lors des déplacements de mission, est un autre sujet fréquemment mal traité.

La réforme du plafond des IJSS (1,4 x SMIC au lieu de 1,8 x) est entrée en vigueur le 1er avril 2025 pour les arrêts prescrits à partir de cette date. Elle réduit mécaniquement le montant des IJSS pour tout salarié dont le salaire brut mensuel dépasse environ 2 552 euros. Pour un intérimaire qualifié à 3 000 euros brut/mois, la perte est de l'ordre de 4 à 5 euros par jour d'arrêt.

Le PMSS 2026 est fixé à 4 005 euros (PASS 2026 : 48 060 euros) par l'arrêté du 22 décembre 2025. Ce plafond sert de référence pour les cotisations sociales, mais n'est plus le plafond direct du salaire journalier de base des IJSS maladie.

Consultez également notre article sur la paie sociale et la rémunération pour d'autres sujets liés à la gestion des salariés.

A jour au 2026-05-26. Cet article informe et ne se substitue pas à un conseil personnalisé. Pour votre situation, contactez un expert-comptable inscrit à l'Ordre.