Arrêt maladie : subrogation, maintien de salaire et IJSS, qui paie quoi ?

Réponse rapide. Lors d'un arrêt maladie, le salarié ayant au moins un an d'ancienneté perçoit une indemnité complémentaire de l'employeur égale à 90 % de sa rémunération brute pendant 30 jours, puis aux deux tiers, après un délai de carence employeur de 7 jours (articles L1226-1 et D1226-1 du Code du travail). La Sécurité sociale verse parallèlement des indemnités journalières (IJSS) à 50 % du gain journalier de base, plafonnées à 41,95 €/jour en juin 2026. Avec la « subrogation », l'employeur perçoit directement les IJSS et verse au salarié le maintien complet.

En France, l'arrêt maladie n'est jamais à charge du seul salarié. Deux systèmes se superposent :

1. Le maintien de salaire : obligation légale de l'employeur (articles L1226-1 et suivants du Code du travail), complétée souvent par des dispositions conventionnelles plus généreuses.
2. Les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) : versées par l'Assurance maladie après un délai de carence de 3 jours, à hauteur de 50 % du gain journalier de base.

La subrogation est un mécanisme fiscal et social qui permet à l'employeur de percevoir directement les IJSS au lieu du salarié, à condition de maintenir un salaire au moins égal. C'est cette architecture qu'il faut décortiquer pour éviter des erreurs de paie.

L'employeur est tenu de maintenir une indemnité complémentaire égale à 90 % de la rémunération brute pendant les 30 premiers jours de l'absence justifiée, puis aux deux tiers (66,66 %) pendant les 30 jours suivants, selon les articles L1226-1 et D1226-1 du Code du travail. Une convention collective peut porter ce taux à 100 % : il s'agit alors d'un avantage conventionnel, et non de l'obligation légale minimale.

Conditions de la prise en charge par le maintien employeur :

1. Une ancienneté minimale d'un an au sein de l'entreprise
2. Une justification dans les 48 heures de l'arrêt (certificat médical adressé à l'employeur et à la Caisse primaire d'assurance maladie)
3. Un arrêt maladie pris en charge par la Sécurité sociale (traitement médical en France, dans un État membre de l'UE ou en Suisse)
4. Pas de travail pendant la période (sinon l'arrêt perd son caractère)

Augmentation de la durée du maintien selon l'ancienneté#

Chacune des deux périodes (90 % puis 66,66 %) s'allonge de 10 jours par tranche de 5 ans d'ancienneté au-delà de l'année requise, sans qu'aucune période ne puisse dépasser 90 jours (article D1226-1).

Cas terrain (anonymisé) : Une PME de 25 salariés a maintenu le salaire pendant 35 jours au lieu de 30 pour un salarié ayant 6 ans d'ancienneté, en appliquant par erreur la durée de sa convention collective au lieu du barème légal. Au moment du versement des IJSS, l'employeur a découvert le surpaiement de 5 jours. Le salarié a refusé le remboursement, estimant l'accord tacite. La leçon : documenter l'application exacte du barème D1226-1 dans le dossier du salarié, et distinguer ce que prévoit la loi de ce qu'ajoute la convention.

C'est un point souvent mal compris : pour une maladie non professionnelle, l'indemnité complémentaire de l'employeur ne s'applique qu'à partir du 8e jour d'absence, car le Code du travail fixe un délai de carence de 7 jours (article D1226-3). Une convention collective peut toutefois supprimer cette carence.

Chronologie d'un arrêt sur les 15 premiers jours :

1. Jours 1 à 3 : carence Sécu (pas d'IJSS). L'employeur peut verser une partie du salaire selon la convention, mais aucune obligation légale.
2. Jours 4 à 7 : carence maintien employeur légal. L'Assurance maladie commence à accumuler mais paiera rétroactivement à partir du jour 4. Pas de versement employeur obligatoire.
3. Jour 8 et suivants : maintien employeur légal s'engage (ou plus tôt si convention plus favorable). Les IJSS Sécu commencent à être versées rétroactivement dès le jour 4.

Important : les IJSS sont toujours versées a posteriori (rétroactivement), souvent 2 à 3 semaines après la déclaration en DSN. L'employeur doit donc financer l'intérim pendant ce délai.

L'Assurance maladie verse des indemnités journalières à hauteur de 50 % du gain journalier de base (GJB).

Le gain journalier de base se calcule en additionnant les 3 derniers salaires bruts précédant l'arrêt, puis en divisant ce total par 91,25. L'indemnité journalière correspond à 50 % de ce GJB.

Exemple. Pour un salarié dont les 3 derniers salaires bruts atteignent 2 400 € chacun, le total est de 7 200 €. Le GJB s'élève à 7 200 / 91,25 = 78,90 €, et l'IJSS journalière à 78,90 × 50 % = 39,45 €.

Plafond IJSS 2026#

Depuis le 1er avril 2025, le salaire servant de base au calcul des IJSS maladie est plafonné à 1,4 SMIC (contre 1,8 SMIC auparavant). Concrètement, le salaire mensuel brut retenu ne peut dépasser 2 522,52 € pour les arrêts prescrits en juin 2026 (SMIC en vigueur au 1er mai 2026) et 2 613,83 € pour les arrêts prescrits à compter du 1er juillet 2026 (SMIC revalorisé au 1er juin 2026).

Il en résulte un montant maximal d'IJSS journalière de 41,95 € pour un arrêt prescrit en juin 2026, porté à 42,97 € pour un arrêt prescrit à partir du 1er juillet 2026 (source : ameli.fr). Tout salarié dont le GJB conduit à une IJSS supérieure est ramené à ce plafond.

La subrogation est un mécanisme où l'employeur perçoit directement les IJSS auprès de la Sécurité sociale, au lieu que le salarié ne les reçoive.

Conditions de la subrogation#

1. L'employeur doit maintenir un salaire au moins égal au montant des IJSS (sinon la subrogation perd son intérêt pour l'Assurance maladie).
2. La DSN doit signaler la subrogation auprès de l'Urssaf (déclaration du choix de subrogation sur la paie correspondante).
3. L'employeur doit justifier auprès de la Sécurité sociale qu'il maintient effectivement le salaire (bulletins de paie, preuve du versement).

Avantage pour l'employeur#

Le maintien légal correspond à 90 % de la rémunération brute : les IJSS en constituent une partie, et l'employeur ne verse que le complément (90 % du brut − IJSS). Pour un salaire brut de 2 400 € et une IJSS de 39,45 €/jour, le complément employeur représente la part nécessaire pour atteindre 90 % du salaire habituel.

La subrogation ne change pas le coût net de l'absence pour l'employeur : elle modifie seulement le circuit de trésorerie. En subrogation, l'employeur verse au salarié l'intégralité du maintien (90 % du brut) et perçoit directement les IJSS de l'Assurance maladie ; sans subrogation, le salarié encaisse lui-même les IJSS et l'employeur ne verse que le complément. Dans les deux cas, le coût final pour l'entreprise est identique, mais la subrogation évite au salarié l'attente des versements de la Sécu.

Situation : salarié en CDI depuis 4 ans, salaire brut mensuel de 2 400 €, arrêt maladie (non professionnelle) du 3 au 20 juin 2026, soit 18 jours calendaires.

Données de base :

• GJB = (2 400 + 2 400 + 2 400) / 91,25 = 78,90 € → IJSS = 78,90 × 50 % = 39,45 €/jour (inférieure au plafond de 41,95 €, donc non plafonnée).
• Carence Sécu : 3 jours (aucune IJSS pour les jours 1 à 3).
• Carence du maintien employeur légal : 7 jours (le maintien légal ne démarre qu'au 8e jour, sauf convention collective plus favorable).
• Maintien légal applicable : 90 % du brut (le salarié a moins de 6 ans d'ancienneté).

Décomposition des trois phases :

Sur cet arrêt, la Sécurité sociale verse des IJSS à partir du 4e jour (39,45 €/jour) et l'employeur n'a d'obligation légale de complément qu'à compter du 8e jour. Une convention collective peut toutefois supprimer la carence employeur et porter le maintien à 100 % : c'est cette comparaison loi / convention qu'il faut systématiquement vérifier avant d'établir le bulletin.

Note : dès lors qu'une convention collective prévoit un maintien plus favorable (carence réduite, taux à 100 %, durée allongée), c'est elle qui s'applique. La subrogation, elle, reste une simple option de trésorerie déclarée en DSN.

1. Confondre carence Sécu et carence maintien employeur#

Beaucoup de fiches de paie oublient les jours 4-7 de carence maintien. Si le salarié tombe malade lundi, l'employeur ne verse qu'à partir du lundi suivant (jour 8), même si les IJSS Sécu commencent à compter dès le jour 4. Cet écart doit être documenté en DSN et en paie.

2. Appliquer la convention collective sans vérifier la loi#

Une convention peut prévoir un maintien plus avantageux (ex. 100 % pendant 60 jours d'emblée). Mais si elle ne dit rien, la loi L1226-1 s'applique intégralement : pas de raccourci.

3. Oublier l'augmentation du maintien avec l'ancienneté#

Un salarié de 10 ans d'ancienneté a droit à 50 jours à 90 % puis 50 jours aux deux tiers, pas 30 et 30. C'est un piège classique : l'application informatique de paie peut ne pas recalculer automatiquement.

4. Déclarer mal la subrogation en DSN#

L'employeur qui veut récupérer les IJSS doit le signaler explicitement en paie. Sinon, elles sont versées au salarié, et l'employeur ne peut plus les demander rétroactivement.

5. Inclure l'arrêt maladie dans le calcul des congés payés#

Un jour d'arrêt maladie ne compte pas comme jour de travail, donc ne s'ajoute pas aux congés annuels (sauf conventions plus favorables). Mais il ne doit pas non plus être déduit des jours de congés restants.

Récemment, une PME du secteur conseil nous a sollicités après un redressement URSSAF portant sur trois années. Le problème : l'employeur maintenait les salaires en arrêt maladie, mais ne déclarait pas les IJSS reçues en subrogation comme des cotisations sociales éxonérées. L'URSSAF considérait que l'employeur doublait le financement (une fois en maintien brut, une fois en IJSS), ce qui gonflait la base de cotisations. Une fois la subrogation correctement déclarée et justifiée, le redressement s'est dissipé : les IJSS sont une créance employeur contre la Sécu, pas une charge supplémentaire.

C'est pourquoi la subrogation n'est pas une commodité administrative, c'est un outil de réduction du coût réel d'absence pour l'employeur. Elle doit être :

1. Déclarée volontairement et par écrit en DSN
2. Justifiée par la preuve du maintien de salaire (bulletins)
3. Suivie comptablement (la Sécu rembourse après 3-4 semaines)

Conseil Hayot Expertise. Dès qu'un salarié transmet un certificat médical, vérifiez immédiatement son ancienneté et le montant des IJSS estimé. Documentez la décision de subrogation (ou son refus) en paie, et transmettez-la à votre paie logicielle avant la clôture du mois. Un arrêt maladie mal géré au mois de juin pèsera encore sur vos comptes trois mois plus tard — autant le traiter juste du premier jour.