Expert-comptable pour médecin libéral

En 2026, les médecins libéraux (généralistes, spécialistes, secteur 1, 2 ou 3) font face à des enjeux fiscaux, sociaux et patrimoniaux de plus en plus complexes. Entre la déclaration 2035 (régime BNC), les cotisations CARMF et URSSAF, le passage en SELARL/SELAS, et l'optimisation de votre rémunération, la comptabilité médicale ne s'improvise pas. Cabinet Hayot Expertise est l'expert-comptable spécialisé médecins à Paris qui accompagne votre cabinet médical dans toutes ses dimensions: comptabilité, fiscalité, social, patrimoine et transmission.

Notre expertise des professions de santé nous permet de maîtriser les subtilités du régime BNC (Bénéfices Non Commerciaux), de la déduction des charges spécifiques (matériel médical, formations DPC, RCP), et des structures d'exercice (Entreprise Individuelle, SELARL, SELAS, SCM, SPFPL). Que vous soyez médecin installé depuis 20 ans ou jeune praticien en phase de création, nous vous apportons un accompagnement personnalisé pour optimiser votre imposition et sécuriser votre retraite.

Un expert-comptable pour médecin généraliste ou spécialiste tient votre comptabilité BNC et votre déclaration 2035, arbitre le micro-BNC (seuil de 83 600 € de recettes en 2026, abattement de 34 %) contre le régime réel, provisionne vos cotisations URSSAF et CARMF (régime de base à 8,73 % jusqu'à 1 PASS, soit 48 060 € en 2026), sécurise la TVA (actes de soins exonérés, actes esthétiques non thérapeutiques taxés à 20 %) et chiffre le passage en SELARL avec holding SPFPL au-delà de 100 000 € de bénéfice. Cabinet Hayot Expertise, inscrit à l'Ordre des experts-comptables d'Île-de-France, accompagne généralistes et spécialistes secteur 1, 2 et 3 à Paris et partout en France. Honoraires : à partir de 258 € HT par mois, devis sous 24 h.

Régime BNC et déclaration 2035: le cœur de la comptabilité médicale

La majorité des médecins libéraux exercent sous le régime des Bénéfices Non Commerciaux (BNC) avec l'obligation de produire une déclaration 2035 (régime de la déclaration contrôlée). Bien que le régime micro-BNC (abattement forfaitaire de 34%) soit applicable jusqu'à 83 600 € de recettes (seuil 2026), le régime réel devient souvent plus avantageux dès lors que le cabinet supporte des charges de structure importantes.

Quand basculer du micro-BNC au régime réel 2035?

Dès que vos charges réelles (loyer du cabinet, charges de SCM, matériel médical, cotisations sociales, formations DPC, assurance RCP) dépassent 34% de vos recettes, le régime de la déclaration contrôlée devient financièrement plus intéressant. Un médecin généraliste avec 100 000 € de recettes et 45 000 € de charges réelles aura intérêt à opter pour la 2035, même s'il est sous le plafond du micro-BNC. Pour un panorama complet des deux régimes, consultez notre analyse du régime fiscal du médecin libéral en 2026.

Les lignes clés de la déclaration 2035 pour un médecin:

• Ligne 1 : recettes encaissées (honoraires, dépassements, actes hors nomenclature)
• Ligne 3 : honoraires rétrocédés (assistant, remplaçant, collaborateur)
• Ligne 8 : achats, dont les fournitures médicales
• Ligne 15 : loyer et charges locatives (cabinet en location ou quote-part de SCM)
• Ligne 22 : primes d'assurances, dont la responsabilité civile professionnelle
• Ligne 25 : charges sociales personnelles, URSSAF et CARMF, avec un sous-repère « dont obligatoires »
• Ligne 26 : frais de réception, de représentation et de congrès, où se logent les congrès médicaux
• Ligne 29 : cotisations syndicales et professionnelles, dont la cotisation ordinale
• Ligne 41 de l'annexe 2035-B : dotation aux amortissements (matériel médical, mobilier, informatique)

Les déductions propres aux médecins conventionnés. C'est la spécificité fiscale du métier, et elle est régulièrement oubliée. Le médecin conventionné de secteur 1 peut renoncer à tenir la comptabilité réelle de certains frais professionnels (représentation, réception, prospection, cadeaux professionnels, travaux de recherche, blanchissage, petits déplacements) et déduire à la place un abattement de 2 % calculé sur les recettes brutes. Les deux modes de déduction, frais réels ou abattement, sont exclusifs l'un de l'autre : on choisit, on ne cumule pas. Par ailleurs, les médecins conventionnés soumis à la déclaration contrôlée bénéficient de la déduction dite du groupe III et peuvent opérer, sur la même assiette, une déduction complémentaire de 3 %. Ces trois déductions ont chacune leur rubrique sur la déclaration. Le calcul de ce qui est le plus favorable, abattement forfaitaire ou frais réels, se refait chaque année : c'est l'un des premiers points que nous chiffrons à l'entrée d'un dossier.

La saisie comptable est automatisée par l'import bancaire et la reconnaissance des factures, sur la plateforme Pennylane à laquelle vous avez accès en permanence.

Médecin Secteur 1 vs Secteur 2 vs Secteur 3: impacts fiscaux et TVA

Secteur 1 (tarifs opposables) : honoraires réglementés, remboursés par la Sécurité sociale, pour la majorité des généralistes et certains spécialistes conventionnés. Précision utile : l'exonération de TVA des soins ne tient pas au secteur d'exercice mais à la nature de l'acte, un soin dispensé à la personne par un membre d'une profession médicale réglementée. Un médecin de secteur 2 ou non conventionné est exonéré au même titre pour ses actes de soins.

Secteur 2 (honoraires libres avec dépassements): Possibilité de pratiquer des dépassements d'honoraires. Attention à l'équilibre entre dépassements et patientèle (certains patients ne consultent plus si les dépassements sont trop élevés). Toujours exonéré de TVA pour les actes de soins médicaux. Notre analyse des dépassements d'honoraires du médecin secteur 2 détaille l'arbitrage OPTAM et l'impact sur vos cotisations.

Médecin non conventionné (parfois appelé « secteur 3 », mais le vocabulaire officiel de l'administration est « non conventionné », code activité C0) : honoraires entièrement libres, non remboursés par la Sécurité sociale. Rare en médecine générale, plus fréquent chez certains spécialistes. À noter que le secteur 1 se subdivise lui-même, selon l'existence ou non d'un droit permanent à dépassement. Attention à la TVA: les actes de soins thérapeutiques restent exonérés, mais les actes esthétiques non médicalement justifiés (botox, peeling, etc.) sont soumis à TVA à 20%.

Notre accompagnement: nous sécurisons la qualification de vos actes (soins exonérés vs actes esthétiques taxables) pour éviter tout redressement TVA. Le détail des exonérations et des exceptions est dans notre article TVA et facturation du médecin.

SCM (Société Civile de Moyens): mutualiser les coûts du cabinet

La SCM est une structure juridique permettant à plusieurs professionnels de santé (médecins, infirmières, sages-femmes) de mutualiser les coûts fixes du cabinet tout en conservant leur indépendance professionnelle et leur responsabilité médicale personnelle.

Charges mutualisées en SCM:

• Loyer du cabinet médical (ou crédit immobilier si acquisition des murs)
• Salaire de la secrétaire médicale
• Électricité, eau, internet, téléphone
• Matériel médical partagé (salle d'attente, ordinateurs, logiciels médicaux comme Doctolib)
• Assurances du local

Chaque associé de la SCM facture ses propres honoraires en BNC et paie sa quote-part de charges de la SCM (généralement au prorata du nombre de jours d'utilisation ou selon un autre critère défini dans les statuts). La SCM n'a pas vocation à générer de bénéfice: elle refacture les charges à l'euro près.

Avantages fiscaux: les charges de SCM sont déductibles de votre BNC (ligne 20 de la 2035), ce qui réduit votre bénéfice imposable et donc vos cotisations sociales et votre impôt sur le revenu.

Notre mission: nous tenons la comptabilité de votre SCM, nous calculons les quotes-parts de chaque associé, et nous intégrons ces charges dans votre déclaration 2035 personnelle.

Médecin remplaçant, collaborateur, première installation

Le médecin remplaçant perçoit des rétrocessions d'honoraires versées par le titulaire : ce sont vos recettes BNC à déclarer, tandis que le titulaire les déduit en ligne 3 de sa 2035. La première année, le micro-BNC (abattement de 34 %, seuil de 83 600 € de recettes) est souvent le régime le plus simple et le plus avantageux tant que vos charges restent limitées. L'affiliation à l'URSSAF et à la CARMF intervient dès le début de l'activité de remplacement (une dispense d'affiliation CARMF existe sous conditions pour les remplaçants à faibles revenus). Les deux premières années, les cotisations sont appelées sur des bases forfaitaires puis régularisées une fois le revenu réel connu : nous vous conseillons de provisionner environ 30 % de vos rétrocessions pour absorber cette régularisation. Dès que vos charges réelles (véhicule, RCP, formations, cotisations) dépassent 34 % des recettes, la bascule vers le réel 2035 devient gagnante : nous simulons les deux régimes chaque année. Pour un remplaçant qui s'installe ou un collaborateur qui débute, nous cadrons aussi le choix entre exercice individuel, collaboration libérale et association.

Tenue comptable et déclarations fiscales

Nous prenons en charge l'intégralité de votre comptabilité médicale:

• Import automatisé de vos relevés bancaires (Boursorama, BNP, Société Générale, Crédit Agricole, etc.)
• Rapprochement des honoraires: Secteur 1, Secteur 2, dépassements, actes CCAM
• Déduction des rétrocessions: assistant médical, remplaçant, collaborateur libéral (ligne 3 de la 2035)
• Suivi des investissements: matériel médical (échographe, ECG, tensiomètre, mobilier), informatique, véhicule professionnel
• Déclaration 2035 : préparation, vérification et télétransmission dans les délais, soit le 2e jour ouvré suivant le 1er mai, délai auquel s'ajoutent 15 jours calendaires pour les envois par voie électronique
• Liasse fiscale: annexes obligatoires (tableaux de détermination du résultat, amortissements, immobilisations)

Tableau de bord en temps réel: via notre plateforme Pennylane, vous visualisez en permanence votre trésorerie, vos encaissements du mois, vos charges déductibles, et une estimation de vos impôts et cotisations à venir.

Optimisation de la rémunération

L'objectif est de maximiser votre reste-à-vivre après impôts et cotisations. Nous arbitrons entre plusieurs leviers:

Levier 1: Déduction des charges professionnelles

• Frais de repas (limite forfaitaire ou frais réels justifiés)
• Frais de déplacement (barème kilométrique si véhicule personnel, ou amortissement si véhicule au nom du cabinet)
• Formations professionnelles (DPC = Développement Professionnel Continu): 100% déductibles
• Cotisations ordinales (Ordre des Médecins)
• Assurance Responsabilité Civile Professionnelle (RCP): obligatoire et déductible

Levier 2: Prévoyance et retraite déductibles (loi Madelin)

En tant que professionnel libéral BNC, vous pouvez déduire de votre bénéfice imposable les cotisations versées à des contrats de prévoyance et retraite loi Madelin:

• Santé et prévoyance : un plafond unique et commun aux deux, égal à 7 % du plafond annuel de la sécurité sociale majorés de 3,75 % du bénéfice imposable, le total ne pouvant excéder 3 % de huit fois ce plafond. Il ne s'agit pas de deux enveloppes distinctes, contrairement à ce qu'on lit souvent.
• Retraite : 10 % du bénéfice imposable retenu dans la limite de huit fois le plafond annuel, majorés de 15 % de la fraction de ce bénéfice comprise entre une et huit fois ce plafond ; ou, si c'est plus favorable, 10 % du plafond annuel.

Exemple: un médecin avec 120 000 € de BNC peut déduire jusqu'à environ 22 800 € de cotisations retraite Madelin (plafond : 10 % du bénéfice + 15 % de la fraction excédant 1 PASS), réduisant son bénéfice imposable à environ 97 200 €, soit une économie d'impôt d'environ 9 300 € (tranche marginale 41 %). Attention : ces cotisations facultatives restent comprises dans l'assiette de vos cotisations sociales URSSAF et CARMF.

Levier 3: PER (Plan Épargne Retraite)

Le PER permet de déduire jusqu'à 10% de votre revenu net imposable (dans la limite de 8 PASS, soit 384 480 € en 2026). Le PER est plus souple que le Madelin (transfert possible, sortie en capital à 100% si souhaité).

Notre cabinet simule chaque année le montant optimal à verser sur votre PER pour lisser votre imposition et préparer votre retraite.

Passage en société (SELARL/SELAS) et holding

Quand passer en SELARL ou SELAS?

Le passage en société (soumise à l'Impôt sur les Sociétés) devient intéressant lorsque votre taux marginal d'imposition IR devient punitif, généralement à partir de 100 000 € à 150 000 € de bénéfices nets.

Avantages de la SELARL/SELAS:

• Impôt sur les Sociétés (IS): 15% jusqu'à 42 500 € de bénéfices, puis 25% au-delà. Bien plus avantageux que l'IR à 41% ou 45%.
• Rémunération modulable: vous décidez de votre salaire (soumis à cotisations sociales + IR) et du montant de dividendes à distribuer (flat tax 31,4% ou barème IR).
• Protection du patrimoine personnel: en société, votre responsabilité est limitée à vos apports (sauf faute professionnelle couverte par la RCP).
• Transmission facilitée: possibilité de céder des parts sociales à un confrère, à un associé, ou de transmettre à vos enfants en bénéficiant d'abattements fiscaux (pacte Dutreil).

SELARL vs SELAS: quel statut choisir?

Les pourcentages de charges que l'on rencontre pour comparer ces deux statuts sont rarement comparables entre eux : l'un s'exprime en pourcentage de la rémunération nette du travailleur non salarié, l'autre en pourcentage du brut ou du superbrut. Une comparaison qui tient debout se fait sur un même revenu net disponible, avec vos chiffres.

En pratique, la SELARL est souvent retenue par les praticiens dont l'objectif premier est le coût social, et la SELAS par ceux qui privilégient la couverture du régime général. Un point à ne pas manquer avant de distribuer : en SELARL, la fraction des dividendes versés au gérant majoritaire qui excède un seuil calculé sur les capitaux propres est soumise aux cotisations des travailleurs non salariés. C'est le premier calcul à faire quand on projette une distribution.

Nos missions pour le passage en société:

1. Évaluation de la patientèle: valorisation de votre fichier patients, goodwill, fonds libéral
2. Rédaction des statuts SELARL ou SELAS (avec clause d'agrément, répartition des bénéfices, modalités de cession)
3. Démarches ordinales: demande d'autorisation auprès du Conseil de l'Ordre des Médecins
4. Immatriculation: dépôt au greffe, publication au BODACC, obtention du SIRET
5. Apports en nature: apport du fonds libéral, du matériel médical, du mobilier
6. Mise en place de la comptabilité IS: passage du BNC (2035) à la comptabilité d'entreprise (bilan, compte de résultat, liasse 2065)

SPFPL: holding médicale pour optimiser vos dividendes

Pour les médecins en SELARL/SELAS, la création d'une SPFPL (Société de Participations Financières de Professions Libérales) permet de créer une holding détenant les parts de votre SEL.

Avantages de la SPFPL:

• Régime mère-fille: les dividendes remontés de la SELARL vers la SPFPL sont exonérés d'IS à 95% (quote-part de frais et charges de 5%)
• Réinvestissement sans fiscalité: les dividendes accumulés dans la SPFPL peuvent être réinvestis en immobilier (SCI), en titres financiers, ou servir à racheter des parts d'autres confrères
• Transmission facilitée: possibilité de donner des parts de la SPFPL à vos enfants avec abattement de 100 000 € par enfant tous les 15 ans
• Financement d'acquisitions: la SPFPL peut emprunter pour racheter les parts d'un associé partant à la retraite, avec remboursement du crédit par les dividendes de la SELARL

Cas d'usage: un cardiologue en SELARL génère 80 000 € de dividendes par an. En créant une SPFPL, il accumule ces dividendes dans la holding (fiscalité quasi nulle) et finance l'achat des murs de son cabinet via une SCI détenue par la SPFPL. Résultat: patrimoine immobilier constitué sans fiscalité intermédiaire.

Achat des murs du cabinet via SCI

Beaucoup de médecins louent leur cabinet. Or, l'achat des murs via une SCI (Société Civile Immobilière) détenue par vous-même (et/ou votre conjoint, vos enfants, votre SPFPL) permet de:

• Déduire les intérêts d'emprunt du résultat de la SCI
• Encaisser les loyers de votre SELARL (qui devient locataire de la SCI), déductibles du résultat de la SELARL
• Constituer un patrimoine immobilier valorisable et transmissible
• Amortir le bien en comptabilité SCI (régime réel d'imposition)

Notre accompagnement: montage de la SCI, financement bancaire, gestion de la comptabilité SCI, optimisation fiscale (régime réel vs impôt sur les sociétés pour la SCI).

Pour piloter votre cabinet médical, voici les KPI essentiels à suivre:

Tableau de bord Hayot Expertise: nous produisons chaque trimestre un reporting avec ces KPI, comparaison N vs N-1, et recommandations d'optimisation.

Erreur 1: Rester trop longtemps en Entreprise Individuelle

Beaucoup de médecins restent en BNC alors que leur bénéfice dépasse 100 000 €. Résultat: surcoût fiscal de 15 000 à 30 000 € par an. Notre recommandation: dès 100 000 € de bénéfice net, simuler le passage en SELARL/SELAS.

Erreur 2: Ne pas déduire le matériel médical coûteux

Un échographe à 15 000 €, un ECG à 3 000 €, du mobilier médical à 8 000 €: ces investissements doivent être inscrits au registre des immobilisations et amortis sur leur durée d'utilisation (généralement 5 ans pour le petit matériel, 10 ans pour les gros équipements). L'amortissement annuel vient réduire votre bénéfice imposable. Oublier cette déduction = surcoût fiscal de 40% de la valeur du matériel.

Erreur 3: Mal provisionner les cotisations CARMF

Les cotisations CARMF sont appelées en deux fois (provisionnelles + régularisation). Beaucoup de médecins sont surpris par la régularisation de N+1. Notre solution: nous calculons chaque trimestre le montant exact des cotisations URSSAF + CARMF à provisionner, pour éviter les mauvaises surprises.

Erreur 4: Ne pas intégrer la DPC dans les charges déductibles

Les formations DPC (Développement Professionnel Continu) sont obligatoires et 100% déductibles. Inscription à des congrès médicaux, formations e-learning, abonnements à des revues médicales: tout est déductible. Budget moyen: 2 000 à 5 000 €/an, soit une économie d'impôt + cotisations de 1 000 à 2 500 €.

Erreur 5: Ne pas optimiser l'achat des murs du cabinet

Louer son cabinet pendant 30 ans = enrichir le propriétaire. Acheter via une SCI = se constituer un patrimoine immobilier valorisable et transmissible. Avec les taux d'emprunt actuels (3-4%), l'achat des murs est souvent neutre voire moins cher que la location, tout en capitalisant sur la pierre.

Le point est contre-intuitif, et c'est pour cela qu'il est mal compris. Les professionnels qui réalisent exclusivement des opérations exonérées de TVA au titre des articles 261 à 261 E du code général des impôts, ce qui est le cas des actes de soins, ne sont pas tenus d'émettre des factures électroniques ni de transmettre des données de transaction à l'administration.

En revanche, l'obligation de réception s'impose à toutes les entreprises concernées par la réforme depuis le 1er septembre 2026, quelle que soit leur taille. Concrètement, un cabinet médical qui achète du matériel, un logiciel ou une prestation auprès d'un fournisseur soumis à l'obligation d'émission doit être en mesure de recevoir sa facture au format électronique. Et un médecin qui exerce une activité accessoire taxable, expertise ou actes esthétiques, sort du cas d'exonération pure pour cette part de son activité.

Deuxième point de calendrier, souvent mal rapporté : le transfert des dispositions du code général des impôts relatives à la TVA vers le code des impositions sur les biens et services, un temps annoncé pour le 1er septembre 2026, a été reporté au 1er janvier 2027, les anciennes références restant utilisables jusqu'au 30 juin 2028.

Nos honoraires démarrent à 258 € HT par mois (offre Essentiel) pour un médecin libéral en BNC : tenue comptable, déclaration 2035 télétransmise, tableau de bord Pennylane et réponses sous 24 h. En pratique, la comptabilité d'un médecin libéral revient à 1 500 à 3 000 € HT par an selon la structure d'exercice : une 2035 seule coûte moins cher qu'une SELARL à l'IS (bilan, liasse 2065, secrétariat juridique annuel et déclaration 2777 en cas de dividendes) ou qu'un cabinet de groupe avec SCM et paie d'une secrétaire médicale. Les missions ponctuelles (simulation de passage en SELARL, création de SPFPL, rattrapage comptable) font l'objet d'un devis sous 24 h. Consultez nos tarifs pour le détail des trois offres du cabinet.

• Le cadre technique du dossier médical : déclaration 2035 et ses déductions propres aux conventionnés, cotisations URSSAF des praticiens et CARMF, structures d'exercice et de détention.
• Une comptabilité tenue en continu sur Pennylane, avec import bancaire et reconnaissance des factures, plutôt qu'un rattrapage annuel.
• Des arbitrages chiffrés : abattement forfaitaire ou frais réels, maintien en BNC ou passage en société, montant à verser sur un plan d'épargne retraite.
• Le volet patrimonial : détention des titres, acquisition des murs du cabinet, préparation de la transmission.
• Les démarches ordinales qui accompagnent un passage en société d'exercice libéral, dossier et statuts compris.

Cabinet expert-comptable médecin Paris 8ème

📞 Demander un rendez-vous de découverte - 58 rue de Monceau, 75008 Paris

Nos guides et articles pour les médecins libéraux:

• Expertise comptable Paris 8
• Création d'entreprise Paris
• Gestion patrimoine dirigeant
• Fiscalité holding Paris
• PER dirigeant 2026: optimisation fiscale retraite
• SASU vs EURL: quel statut choisir?
• Expert-comptable Paris: missions et obligations 2026

Pour aller plus loin, consultez notre guide expert-comptable médecin libéral 2026 : BNC, SELARL, 2035, TVA, CARMF.