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Notre expertise sectorielle

Expert-Comptable Pharmacie & Officine : Cabinet Hayot Expertise

Expert-comptable pour pharmacie d'officine: gestion des stocks, SELARL, marge génériques, TVA médicaments et valorisation de cession. Accompagnement spécialisé.

Samuel Hayot, expert-comptable
Page rédigée par
Samuel Hayot
Expert-comptable & commissaire aux comptes
Inscrit OEC Paris IDF · CRCC Paris
Officine
Marge réglementée
Stock
Stock sensible
Structure
SEL / SPFPL
Titulaire
Cash de reprise
L'essentiel

Un expert-comptable pour pharmacie (officine) maîtrise la TVA multi-taux (2,1 %, 5,5 %, 10 %, 20 %), le tiers payant CPAM, la marge dégressive lissée et les honoraires de dispensation, la structuration en SELARL ou SPFPL et le rachat d'officine. Comptez à partir de 450 € HT par mois, devis ferme sous 24 à 48 h ouvrées. Objectif : une marge officinale pilotée au mois et un cadrage fiscal adapté à la création, l'exploitation et la cession.

Ce que nous apportons
  • Maîtrise des 4 taux de TVA officinaux (2,1 %, 5,5 %, 10 %, 20 %) et des flux tiers payant CPAM.
  • Cadre fiscal juste dès la première écriture : l'officine relève des BIC, pas des BNC (BOI-BIC-CHAMP-60-30).
  • Accompagnement sur le cycle complet : création/rachat, exploitation, cession/transmission.

Pour qui ?

  • Pharmaciens titulaires en officine indépendante ou multi-sites.
  • Pharmaciens adjoints préparant leur première installation ou un rachat d'officine.

Quand faire appel à nous ?

  • Avant un rachat, une cession ou un passage en SELARL.
  • Quand le tiers payant, la TVA multi-taux ou la rotation des stocks deviennent difficiles à piloter.

Ce que vous obtenez

  • Un cadrage comptable et fiscal adapté aux spécificités officinales.
  • Un reporting mensuel avec KPI pharmacie : marge officinale, rotation stocks, taux de remboursement.

Exercer en nom propre, en SELARL ou en SELAS : ce qui change pour un titulaire

CritèreNom propreSELARLSELAS
Imposition du résultatImpôt sur le revenu, catégorie BIC, sur la totalité du bénéficeImpôt sur les sociétés : 15 % jusqu'à 42 500 €, puis 25 %Impôt sur les sociétés : 15 % jusqu'à 42 500 €, puis 25 %
Base imposable à votre nomLe bénéfice entier, prélevé ou nonLa rémunération réellement prélevéeLa rémunération réellement prélevée
Statut social du dirigeantTravailleur non salarié, CAVPGérant majoritaire : travailleur non salarié, CAVPPrésident : assimilé salarié, régime général + CAVP
DividendesSans objetPFU à 31,4 %, avec cotisations sociales sur la fraction dépassant 10 % du capital, des primes et du compte courantPFU à 31,4 %, sans cotisations sociales sur les dividendes
Rachat et transmissionEffet de levier limité, remboursement sur revenu net d'impôtCompatible avec une SPFPL : dette remboursée par les dividendes remontésCompatible avec une SPFPL, entrée progressive d'associés facilitée
Cas type illustratif

Cas type illustratif : adjoint qui rachète l'officine de son titulaire

Situation et dispositif

Officine de quartier dont le titulaire part à la retraite, rachat financé par emprunt : marge réelle par famille à auditer au-delà du chiffre d'affaires affiché, ventilation de TVA à fiabiliser, arbitrage entre rachat du fonds et rachat des titres.

Résultats modélisés

Le repreneur signe en connaissant sa marge réelle et sa capacité de remboursement, avec un plan de trésorerie intégrant l'emprunt et les appels de la CAVP. Les montants dépendent entièrement de chaque officine et se chiffrent dossier par dossier.

Que comprend la mission d'expert-comptable pour une pharmacie ?

La mission d'expert-comptable pour une pharmacie couvre la tenue de la comptabilité de l'officine, la ventilation des ventes par taux de TVA et les déclarations, le rapprochement du tiers payant, la révision, les comptes annuels et la liasse fiscale. Selon les besoins du pharmacien titulaire, elle s'étend à la paie sous la convention de la pharmacie d'officine, au choix entre nom propre, SELARL, SELAS et SPFPL, et à l'achat ou à la cession de l'officine. Le cabinet est installé à Paris 8e, et la mission peut aussi se conduire à distance.

Ce périmètre part de ce qui distingue la comptabilité d'une officine de celle d'un cabinet médical. Les bénéfices tirés de l'exploitation d'une officine sont imposables dans la catégorie des bénéfices industriels et commerciaux (BIC), pas des BNC : les ventes se rattachent à l'exercice au cours duquel elles ont lieu, et le stock est évalué à chaque clôture. Les ventes se répartissent entre plusieurs taux de TVA, une partie du chiffre d'affaires est réglée par l'Assurance maladie et les complémentaires, et le stock immobilise de la trésorerie.

Le fonctionnement de ces écritures (plan de comptes, lecture du bilan, formation de la marge) est détaillé dans notre guide de la comptabilité d'officine. Cette page présente la mission : périmètre, démarrage, suivi en cours d'année et honoraires.

Ce que couvre la mission, poste par poste

Tenue comptable et TVA à plusieurs taux

La comptabilité est tenue à partir des exports du logiciel de gestion d'officine (LGO), des relevés bancaires, des factures des laboratoires et des grossistes-répartiteurs, et des relevés de règlement du tiers payant. Le travail courant porte sur trois points :

  • la répartition des ventes par taux : 2,1 % pour les médicaments remboursables, 10 % pour les médicaments non remboursables, 5,5 % pour des produits limitativement énumérés (notamment certains appareillages pour personnes handicapées inscrits à la liste des produits et prestations remboursables, certains matériels pour diabétiques et les protections hygiéniques féminines), 20 % pour les produits soumis au taux normal, comme les cosmétiques. Les honoraires de dispensation attachés à un médicament remboursable suivent en principe le taux de 2,1 % ;
  • le rapprochement du tiers payant : ce qui a été facturé à l'Assurance maladie et aux complémentaires, ce qui a été réglé, et les rejets à reprendre ;
  • la préparation et le dépôt des déclarations de TVA, selon la périodicité applicable à l'officine.

Notre lecture. Sur une officine, le premier contrôle porte sur la concordance entre les ventes par taux sorties du LGO, ce qui est comptabilisé et ce qui est déclaré, à l'ouverture comme à la reprise d'un dossier. Tant que ces trois chiffres ne disent pas la même chose, la marge affichée et la TVA déclarée restent fragiles.

Révision, comptes annuels et liasse fiscale

À la clôture, la mission comprend la révision des comptes, le contrôle de l'inventaire du stock et de sa valorisation, le suivi des immobilisations (fonds de commerce, agencements, matériel) et, le cas échéant, de l'emprunt d'acquisition, puis l'établissement des comptes annuels et de la liasse fiscale. En nom propre, le résultat est déclaré dans la catégorie des BIC. Si l'officine est exploitée par une société soumise à l'impôt sur les sociétés, la liasse est celle de l'impôt sur les sociétés et la rémunération du titulaire se traite à part.

Paie de l'officine (IDCC 1996)

Les préparateurs, les pharmaciens adjoints et les apprentis relèvent de la convention collective nationale de la pharmacie d'officine du 3 décembre 1997 (IDCC 1996). La mission paie comprend les bulletins établis selon cette convention, les déclarations sociales nominatives (DSN), les entrées et les sorties de salariés. Elle se chiffre à part, selon l'effectif. Le contenu de la prestation est présenté sur la page paie et social.

Nom propre, SELARL, SELAS ou SPFPL

Le cadre vient du Code de la santé publique. Le pharmacien, ou la société, doit être propriétaire de l'officine dont il est titulaire, et ne peut être propriétaire ou copropriétaire que d'une seule officine. Les sociétés d'exercice libéral de pharmaciens d'officine (SELARL, SELAS) sont régies par l'ordonnance n° 2023-77 du 8 février 2023 et par les articles R. 5125-14 et suivants de ce code : plus de la moitié de leur capital et des droits de vote est détenue par des pharmaciens titulaires de l'officine exploitée. Une société de participations financières de profession libérale (SPFPL) de pharmaciens d'officine peut toutefois détenir cette majorité, si sa propre majorité est détenue par des titulaires de l'officine.

Dans ce cadre, la mission compare, chiffres à l'appui, l'exploitation en nom propre et en société : imposition du résultat, statut social et rémunération du titulaire, coût de la transformation, financement d'un achat de titres. Si la société est retenue, le cabinet prépare sa constitution et, le cas échéant, celle de la SPFPL. L'arbitrage entre rémunération et dividendes fait l'objet d'une mission dédiée : salaire et dividendes du dirigeant.

Achat, association et cession d'officine

Ces missions ponctuelles se chiffrent à part, sur devis :

  • à l'achat : lecture des derniers comptes du cédant, de la marge par famille de produits et du stock, prévisionnel de trésorerie qui intègre le remboursement de l'emprunt, choix entre achat du fonds et achat des titres, puis constitution de la société d'exploitation. Voir l'audit d'acquisition et la création de société ;
  • à l'entrée d'un associé : valeur des parts, répartition du capital dans le respect des règles de détention propres aux sociétés de pharmaciens, effet sur la rémunération de chacun ;
  • à la cession : évaluation de l'officine, choix entre cession du fonds et cession des titres, comptes de l'année de cession.

Les actes de cession se rédigent avec votre avocat ou votre notaire. Les étapes d'une installation, du projet à la signature, sont détaillées dans le guide de l'installation en officine.

Démarrer la mission ou changer d'expert-comptable en cours d'exercice

Le premier pas dépend de votre situation :

Votre situationCe que la mission traite en premier
Premier exercice après l'achat d'une officineOuverture du dossier, comptes de ventes par taux alignés sur le LGO, mise en place de la paie
Changement de cabinet en cours d'exerciceInformation du confrère, reprise des écritures, concordance entre LGO et comptabilité
Exploitation en nom propre, passage en société envisagéÉtude chiffrée du nom propre face à la SELARL ou à la SELAS
Cession prévueÉvaluation, choix entre cession du fonds et cession des titres

Tout commence par une lettre de mission. Le décret n° 2012-432 du 30 mars 2012, qui encadre l'exercice de l'expertise comptable, impose un contrat écrit qui définit la mission et précise les droits et obligations de chaque partie. La lettre de mission fixe le périmètre (tenue, paie, missions ponctuelles), les honoraires et ce que chacun fournit.

Changer de cabinet en cours d'exercice est possible. La reprise se déroule ainsi :

  1. Vous décrivez votre situation et transmettez les premières pièces.
  2. Avant d'accepter la mission, le cabinet informe votre expert-comptable actuel, comme l'exige l'article 163 du décret. Le même article demande au nouveau cabinet de s'efforcer d'obtenir, avant de commencer la mission, la justification du paiement des honoraires dus au précédent cabinet.
  3. La lettre de mission est signée.
  4. Votre ancien cabinet favorise, avec votre accord, la transmission du dossier. Sont repris notamment la dernière liasse fiscale, les derniers comptes annuels, le fichier des écritures comptables (FEC) ou le grand livre de l'exercice en cours, l'échéancier de l'emprunt, l'état des immobilisations et le dossier de paie.
  5. La comptabilité reprend à partir de la dernière période validée.

Les points contrôlés à la reprise d'un dossier

  • la concordance des ventes par taux entre le LGO, la comptabilité et les déclarations de TVA déposées ;
  • les créances de tiers payant anciennes ou non soldées ;
  • la valorisation du dernier inventaire et le traitement des produits périmés ;
  • le tableau d'amortissement de l'emprunt et l'état des immobilisations ;
  • l'application de la convention collective sur les bulletins (coefficients, ancienneté).

La démarche générale est aussi décrite sur la page changer d'expert-comptable.

Les chiffres suivis pour le pharmacien titulaire

Une fois les pièces transmises et la comptabilité à jour, le suivi porte sur les chiffres qui servent à piloter l'officine :

  • le chiffre d'affaires par taux de TVA, rapproché du LGO ;
  • la marge par famille de produits : remboursable, non remboursable, parapharmacie ;
  • le tiers payant non encore réglé et les rejets à reprendre ;
  • la trésorerie et les échéances à venir (TVA, emprunt, cotisations) ;
  • le niveau du stock entre deux inventaires, lorsque le LGO le fournit.

Le contenu et le rythme de ce suivi sont précisés dans la lettre de mission. Les rendez-vous de l'année servent aux décisions : clôture, rémunération, investissement, entrée d'un associé.

Honoraires d'un expert-comptable pour une pharmacie

Pour une officine, les honoraires de la mission comptable s'entendent à partir de 450 € HT par mois. Ce montant couvre la tenue comptable, la ventilation de la TVA multi-taux et les déclarations de TVA, le rapprochement du tiers payant, la révision, le bilan et la liasse fiscale.

Se chiffrent à part : la paie des salariés de l'officine et les missions ponctuelles (audit d'acquisition, évaluation, constitution ou transformation de la société, cession).

Le montant retenu dépend de ce que montre l'examen de vos documents :

Ce qui fait varier les honorairesCe qui est regardé
Volume et structure des ventesNombre d'opérations, ventilation par taux, poids du tiers payant
EffectifNombre de bulletins, entrées et sorties de salariés
État du dossierExercice repris en cours de route, retard de saisie, écarts entre LGO et comptabilité
Missions de l'annéeAchat, transformation, entrée d'un associé, cession

Le devis est établi après examen de vos pièces, sur vos volumes réels. La grille générale du cabinet figure sur la page tarifs.

Les pièces utiles pour établir un devis

  • la dernière liasse fiscale et les derniers comptes annuels ou, pour un achat, ceux du cédant ;
  • un export du LGO qui présente les ventes par taux de TVA sur une période récente ;
  • les relevés bancaires des derniers mois ;
  • le nombre de salariés et les derniers bulletins de paie ;
  • la forme d'exploitation (nom propre, SELARL, SELAS, SPFPL) et, le cas échéant, les statuts ;
  • pour un projet d'achat : le dossier de présentation de l'officine et le plan de financement envisagé.

Si certaines pièces manquent, une description écrite de la situation permet déjà de préparer les questions utiles.

Cabinet comptable pour pharmacie à Paris et à distance

Le cabinet Hayot Expertise est installé 58 rue de Monceau, à Paris 8e, avec une antenne à Noisy-le-Sec. La mission est placée sous la responsabilité de Samuel Hayot, expert-comptable inscrit au tableau de l'Ordre des experts-comptables Paris Île-de-France et commissaire aux comptes inscrit sur la liste établie par la Haute autorité de l'audit.

Les dossiers sont dématérialisés : les exports du LGO, les relevés et les factures se transmettent en ligne, et les échanges courants se font par écrit. Une officine située ailleurs en France peut être suivie de la même manière. Les rendez-vous d'arbitrage, utiles avant un achat ou une cession, se tiennent au cabinet ou à distance. À Paris, avant un achat, le bail commercial (loyer, durée restant à courir, conditions de renouvellement) fait partie des premiers documents lus, parce qu'il pèse sur les charges fixes et sur la valeur de l'officine. Voir aussi notre cabinet d'expertise comptable à Paris 8e.

Parlons de votre officine

Pour une première installation, une reprise de dossier, un passage en société ou une cession, écrivez au cabinet depuis la page contact en décrivant votre situation et, si possible, en joignant les pièces listées plus haut. Le cabinet revient vers vous avec le périmètre proposé ou les questions à éclaircir avant le devis.

Cette page décrit la mission. Les règles fiscales et juridiques citées s'appliquent selon votre situation, examinée sur pièces et au regard des textes en vigueur.

Indicateurs clés d'une officine à suivre

Taux de marge brute globale

Formule

(Marge brute / CA HT) × 100

Cible

À suivre par famille de produits, stable ou en progression

Marge par famille (remboursable, OTC, parapharmacie)

Formule

Marge de la famille / CA de la famille

Cible

Limiter l'érosion sur le remboursable soumis à la MDL

Taux de substitution générique (ROSG)

Formule

Boîtes génériques délivrées / boîtes substituables

Cible

Aligné sur l'objectif ROSP

Rotation des stocks

Formule

Achats HT / stock moyen HT

Cible

À accélérer pour libérer de la trésorerie

Tiers payant non soldé et rejets

Formule

Créances tiers payant non soldées / CA tiers payant

Cible

Minimiser les rejets CPAM et mutuelles

Le marché et ses segments

Le marché officinal (environ 20 000 officines en France) fait face à des pénuries et une hausse des charges d'exploitation, poussant les professionnels vers l'optimisation financière de pointe et le regroupement.

29 - 32%
Marge brute moyenne
x 5,5
Valorisation moyenne (EBE)
~15%
Part des Ventes OTC
50% Marge
Honoraires dispensation
Pharmacie de QuartierPharmacie de Centre CommercialGroupementsParapharmaciesGénériqueurs
Cadre d'intervention

Guide Pratique: Réussir le rachat de sa première Officine

01

1. Auditer l'historique des marges

Lors de la Due Diligence financière, ne regardez pas que le CA. Analysez l'évolution de la marge sur les 3 derniers exercices: une baisse soudaine peut révéler une perte d'influence sur les prescripteurs (médecins de proximité partant à la retraite) ou une politique commerciale dégradée.

02

2. Constituer une SPFPL (Holding)

Ne rachetez jamais en nom propre. La création d'une Holding (SPFPL) vous permettra de rembourser l'emprunt d'acquisition avec les dividendes de la pharmacie (remontée sous le régime mère-fille), sans subir la fiscalité personnelle à l'ISRP et avec le versement des intérêts d'emprunt déductibles.

03

3. Négocier le BFR avec ses grossistes-répartiteurs

Votre expert-comptable devra modéliser finement votre besoin en fonds de roulement. Intégrez à votre Business Plan les délais de paiement obtenus auprès du répartiteur et de l'Assurance Maladie, pour ne pas suffoquer lors du premier semestre d'exploitation.

FAQ

Questions fréquentes

Comment choisir un expert-comptable pour sa pharmacie ?

Vérifiez d'abord son inscription au tableau de l'Ordre des experts-comptables, consultable dans l'annuaire de l'Ordre. Demandez ensuite une lettre de mission qui détaille le périmètre : ventilation des ventes par taux de TVA à partir du LGO, rapprochement du tiers payant, paie sous la convention de la pharmacie d'officine, traitement d'un achat ou d'un passage en société. Comparez les périmètres écrits en même temps que les montants.

Qu'est-ce qui est compris dans la mission comptable d'une officine ?

La mission de base comprend la tenue comptable, la ventilation de la TVA multi-taux et les déclarations de TVA, le rapprochement du tiers payant, la révision, le bilan et la liasse fiscale. La paie et les missions ponctuelles (achat, évaluation, constitution ou transformation de la société, cession) sont prévues à part dans la lettre de mission, avec leurs propres honoraires.

Combien coûte un expert-comptable pour une pharmacie ?

Pour une officine, les honoraires sont à partir de 450 € HT par mois pour la tenue comptable, la TVA multi-taux, le tiers payant, la révision, le bilan et la liasse fiscale. Le montant est ajusté après examen de vos documents, selon le volume des ventes, l'état du dossier et les missions de l'année. La paie et les missions ponctuelles se chiffrent séparément.

Peut-on changer d'expert-comptable en cours d'exercice ?

Oui. Avant d'accepter la mission, le nouveau cabinet informe votre expert-comptable actuel, comme le prévoit l'article 163 du décret du 30 mars 2012, et votre ancien cabinet favorise, avec votre accord, la transmission du dossier. La reprise s'appuie sur la dernière liasse, le FEC ou le grand livre de l'exercice en cours et le dossier de paie, puis sur un rapprochement des ventes par taux avec le LGO.

L'expert-comptable intervient-il lors de l'achat d'une officine ?

Oui, dans une mission ponctuelle chiffrée à part. Elle comprend la lecture des comptes du cédant et de la marge par famille de produits, un prévisionnel de trésorerie qui intègre le remboursement de l'emprunt, le choix entre achat du fonds et achat des titres, puis la constitution de la société d'exploitation. Les actes de cession se rédigent avec votre avocat ou votre notaire.

SELARL, SELAS ou SPFPL : quelle structure pour une officine ?

Le choix se fait après une étude chiffrée : imposition du résultat, statut social et rémunération du titulaire, financement de l'achat, entrée future d'un associé. Le cadre est fixé par le Code de la santé publique : plus de la moitié du capital et des droits de vote d'une société d'exercice libéral de pharmaciens d'officine est détenue par des titulaires de l'officine exploitée, ou par une SPFPL elle-même majoritairement détenue par ces titulaires.

La paie des préparateurs et des adjoints est-elle prise en charge ?

Oui, dans une mission paie distincte, chiffrée selon l'effectif. Elle comprend les bulletins établis selon la convention collective nationale de la pharmacie d'officine (IDCC 1996), les déclarations sociales nominatives (DSN), les entrées et les sorties de salariés. Les coefficients et l'ancienneté appliqués sur les bulletins sont relus à la reprise du dossier.

Quel délai pour démarrer la mission ?

Le calendrier dépend de votre dossier et n'est pas fixé à l'avance. La mission démarre une fois la lettre de mission signée et les premières pièces reçues ; en cas de changement de cabinet, après l'information de votre expert-comptable actuel et la transmission du dossier. Le temps nécessaire dépend surtout de l'état de la comptabilité reprise et du moment de l'exercice.

Le cabinet peut-il suivre une pharmacie hors de Paris ?

Oui. Le cabinet est installé à Paris 8e et travaille sur des dossiers dématérialisés : exports du LGO, relevés et factures se transmettent en ligne, et la TVA comme le tiers payant se contrôlent sur pièces. Une officine située ailleurs en France peut être suivie de la même manière ; les rendez-vous utiles avant un achat ou une cession se tiennent au cabinet ou à distance.

Vos garanties

Un cabinet parisien qui travaille à distance dans toute la France

Nous pouvons travailler avec vous à distance partout en France, avec des outils de pilotage en ligne qui réunissent vos pièces et vos chiffres au même endroit.

Cabinet réglementé

Samuel Hayot est expert-comptable inscrit à l'Ordre de Paris Île-de-France, et commissaire aux comptes inscrit sur la liste établie par la H2A, membre de la CRCC de Paris.

Couverture nationale

Le cabinet est à Paris 8. Il travaille à distance et peut accompagner une entreprise installée n'importe où en France.

Des outils modernes

Pennylane, Dext et Silae, avec autant de tâches automatisées que possible : vos chiffres restent visibles et le travail avance vite.

Contact direct

Le numéro de téléphone figure en bas de chaque page, la prise de contact est simple, la lettre de mission arrive rapidement et le besoin est cadré sans détour.

Ressources utiles

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Décrivez votre activité et vos priorités en quelques lignes : Samuel Hayot vous répond par écrit avec une proposition adaptée.

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Merci pour l’accompagnement exceptionnel de Monsieur Hayot et les conseils.

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29 août 2026
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Merci pour votre aide et vos précieux conseils!

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29 août 2026
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Cabinet avec beaucoup de serieux et d'expertise ! Je recommande vivement

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22 mars 2026
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Merci au cabinet très professionnel et réactif , toujours de bons conseils

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22 mars 2026
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5 mars 2026
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Samuel Hayot, expert-comptable inscrit à l'Ordre (OEC Paris-IDF)

Rédigé par Samuel Hayot

Expert-Comptable diplômé, inscrit au Tableau de l'Ordre des Experts-Comptables. Formateur certifié Pennylane.

Cabinet réglementéMis à jour 06 novembre 20265 sources citées

Cabinet d'expertise comptable basé à Paris 8, dont le fondateur est aussi commissaire aux comptes, pensé pour accompagner des entreprises partout en France avec une approche digitale et orientée décision.