Expert-Comptable Innovation : CIR, CII & JEI
CIR (30%), CII (20%) et statut JEI à Paris : sécurisez vos crédits d'impôt innovation avec Hayot Expertise. Dossier technique, rescrit fiscal, défense contrôle.
Le CIR (30 %), le CII (20 %) et le statut JEI sont les leviers de financement non dilutif les plus puissants en France. Hayot Expertise sécurise votre éligibilité, constitue le dossier technique et vous défend en cas de contrôle.
- Accompagnement sur le dossier technique ET la déclaration fiscale : pas de déconnexion entre les deux.
- Contrôles CIR en hausse de 23 % entre 2023 et 2025 — la documentation rigoureuse est votre meilleure défense.
Pour qui ?
- Startups tech, deeptech et biotech avec des équipes R&D.
- PME industrielles engageant des travaux de développement expérimental.
Quand faire appel à nous ?
- Avant de déclarer votre premier CIR ou CII.
- Après réception d'une proposition de rectification ou d'un contrôle MESRI.
Ce que vous obtenez
- Un audit d'éligibilité gratuit et un chiffrage du crédit d'impôt potentiel.
- Un dossier technique et fiscal défendable face à l'administration.
Financez votre Innovation : CIR, CII et Statut JEI — Cabinet Hayot Expertise Paris 8#
Le Crédit d'Impôt Recherche (CIR) est l'un des dispositifs fiscaux les plus puissants dont disposent les entreprises françaises : jusqu'à 30 % des dépenses de R&D remboursées par l'État, sans plafond pour la majorité des dépenses. Pourtant, trop d'entreprises innovantes passent à côté de cette aide, ou la déclarent de façon insuffisamment documentée et font l'objet d'un redressement fiscal. Hayot Expertise, cabinet d'expertise comptable et fiscale installé au 58 rue de Monceau, Paris 8ème, vous accompagne à chaque étape : audit d'éligibilité, constitution du dossier technique, déclaration fiscale sécurisée et assistance en cas de contrôle. Depuis plus de 10 ans, nous défendons l'innovation de nos clients startups et PME face à l'administration fiscale.
Qu'est-ce que le CIR, le CII et le statut JEI, et pourquoi sont-ils essentiels en 2026 ?#
Contexte 2026 : des dispositifs renforcés mais plus contrôlés#
La loi de finances 2026 maintient les trois grands dispositifs de soutien à l'innovation — CIR, CII et JEI — dans leurs grandes lignes, mais renforce les obligations documentaires et les contrôles. Le nombre de vérifications de crédit d'impôt recherche par l'administration fiscale et le Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche a augmenté de 23 % entre 2023 et 2025. Dans ce contexte, un accompagnement expert est plus que jamais indispensable.
En 2025, le CIR représente 7,3 milliards d'euros de dépenses fiscales pour l'État, bénéficiant à plus de 27 000 entreprises. C'est le principal outil de financement non dilutif de l'innovation en France.
À lire : Loi de finances 2026 : mesures clés pour les PME | Financement d'entreprise : solutions 2026
Les trois dispositifs clés décryptés#
Le Crédit d'Impôt Recherche (CIR) : taux, assiette et éligibilité
Le CIR permet à toute entreprise industrielle, commerciale ou agricole soumise à l'IS ou à l'IR de déduire de son impôt une fraction de ses dépenses de recherche fondamentale, de recherche appliquée et de développement expérimental.
Taux du CIR :
- 30 % sur les dépenses jusqu'à 100 millions d'euros
- 5 % au-delà de 100 millions d'euros (pour les grands groupes)
- 50 % pour les dépenses engagées dans des zones de revitalisation rurale (ZRR) ou des DOM-TOM
Dépenses éligibles :
| Poste de dépenses | Modalité d'éligibilité |
|---|---|
| Salaires et charges sociales des chercheurs et techniciens de recherche | 100 % des salaires + majoration si doctorants |
| Dotations aux amortissements (équipements R&D) | 100 % des amortissements |
| Frais de fonctionnement (forfait) | 43 % des dépenses de personnel |
| Sous-traitance à des organismes agréés | 1× ou 2× selon organisme public/privé (plafonnée) |
| Veille technologique | Jusqu'à 60 000 €/an |
| Brevets (dépôt, acquisition, maintenance) | 100 % |
Condition d'éligibilité fondamentale : les travaux doivent répondre aux critères du Manuel de Frascati — recherche originale, incertitude scientifique ou technique, progression des connaissances. Un simple développement logiciel classique ou l'adaptation d'une solution existante n'est pas de la R&D éligible.
Le Crédit d'Impôt Innovation (CII) : pour les PME innovantes
Le CII est réservé aux PME au sens communautaire (moins de 250 salariés, CA < 50 M€ ou bilan < 43 M€). Il permet de récupérer 20 % des dépenses de conception de prototypes ou d'installations pilotes de produits nouveaux.
Spécificités JEI : pour les entreprises bénéficiant du statut JEI, le taux du CII est porté à 30 % (au lieu de 20 %). Cette majoration récompense les investissements R&D des jeunes entreprises.
Plafond de dépenses CII : 400 000 €/an → crédit maximal de 80 000 €/an (ou 120 000 € pour les JEI).
Distinction CIR/CII : le CIR couvre la recherche et le développement expérimental (incertitude technique avérée) ; le CII couvre la conception de prototypes de produits nouveaux sur le marché. Un même projet ne peut pas bénéficier des deux dispositifs simultanément.
Le statut JEI (Jeune Entreprise Innovante) : exonérations fiscales et sociales
| Avantage | Détail |
|---|---|
| Exonération de charges patronales | 100 % sur les salaires des personnels R&D, plafonnés à 4,5 SMIC par mois et par personne |
| Exonération d'IS | 1ère année bénéficiaire à 100 %, 2ème année à 50 % |
| Exonération de CFE | Sur délibération des communes |
| Exonération de taxe foncière | Sur délibération des collectivités |
Conditions d'éligibilité JEI :
- Entreprise de moins de 8 ans à la date de création du statut
- PME au sens communautaire (< 250 salariés)
- Dépenses de R&D représentant au moins 15 % des charges fiscalement déductibles de l'exercice
- Indépendante (non détenue à > 50 % par une ou plusieurs sociétés non JEI)
Statut JEII (Jeune Entreprise de Croissance) : créé par la loi de finances 2024, il offre des exonérations identiques avec un seuil R&D abaissé à 5 % des charges.
Exemple chiffré : une startup de 10 développeurs à 50 000 €/an de salaire brut = 500 000 € de masse salariale. En JEI, l'exonération de charges patronales représente environ 170 000 €/an d'économie — soit un levier considérable pour financer la croissance.
Nos prestations CIR/CII/JEI à Paris#
Audit d'éligibilité préalable#
Avant toute démarche, nous réalisons une revue d'éligibilité de vos projets en nous appuyant sur le Manuel de Frascati, la doctrine fiscale (BOFiP) et les jurisprudences récentes du Conseil d'État sur le CIR.
Nous distinguons clairement les développements éligibles (nouveauté scientifique ou technique, incertitude réelle, progression des connaissances) des développements non éligibles (adaptation, optimisation, intégration d'outils existants).
Livrable : rapport d'éligibilité avec estimation du montant de CIR/CII récupérable et plan de sécurisation documentaire.
Constitution du dossier technique#
En collaboration avec nos ingénieurs partenaires, nous construisons pour chaque projet éligible :
- État de l'art : démonstration que les connaissances disponibles ne permettaient pas de résoudre le problème sans recherche spécifique
- Description des verrous technologiques : formulation précise des obstacles scientifiques ou techniques à surmonter
- Démarche scientifique : hypothèses testées, protocoles expérimentaux, résultats obtenus
- Valorisation financière : extraction des dépenses éligibles du grand livre comptable, affectation par projet et par salarié
Ce dossier est opposable à l'administration fiscale en cas de contrôle. Sa qualité est déterminante dans 80 % des redressements CIR.
Rescrit CIR : validation préalable par l'administration#
Le rescrit CIR permet d'obtenir une prise de position formelle de l'administration fiscale avant le dépôt de la déclaration. Il permet de sécuriser juridiquement l'éligibilité de vos projets et de démontrer la bonne foi du déclarant en cas de contrôle ultérieur (réduction significative des pénalités).
Nous rédigeons et déposons les demandes de rescrit en coordination avec le conseiller technique désigné par la DRRT (Direction Régionale de la Recherche et de la Technologie).
Déclaration comptable et fiscale sécurisée#
- Isolation analytique des dépenses R&D dans votre comptabilité (codes projets, centres analytiques, fiches de temps)
- Calcul du CIR/CII sur le formulaire 2069-A-SD annexé à la liasse fiscale
- Demande de remboursement anticipé pour les startups éligibles (moins de 3 ans, PME en déficit, entreprises en difficulté)
- Intégration dans la liasse fiscale IS
Assistance et défense en cas de contrôle fiscal#
En cas de vérification de comptabilité impliquant le CIR, nous intervenons comme conseil et représentant de votre entreprise : analyse du questionnaire, préparation des réponses documentées, assistance lors des réunions avec le vérificateur, rédaction des observations sur les propositions de redressement, recours hiérarchique et contentieux fiscal si nécessaire.
Résultat : dans 90 % des contrôles accompagnés, nous avons obtenu un abandon total ou partiel du redressement.
À qui s'adresse ce service ?#
- Startups tech (IA, SaaS, deeptech, biotech, medtech) : le CIR représente souvent 10 à 30 % du budget total de R&D
- PME industrielles engagées dans des projets d'innovation produit ou process
- ETI en R&D cherchant à optimiser leurs déclarations existantes
- Sociétés de services tech développant des solutions logicielles propriétaires
- Entreprises en phase de création souhaitant obtenir le statut JEI dès le démarrage
Voir notre page : Startups et PME tech — notre expertise sectorielle
Notre méthode et process client#
- Entretien de qualification (gratuit, 30 min) : présentation de vos projets R&D, estimation préliminaire du potentiel CIR/CII
- Audit d'éligibilité : analyse approfondie, rapport écrit sous 10 jours ouvrés
- Lettre de mission et planning : périmètre, calendrier, coordination avec vos équipes techniques
- Constitution du dossier technique : travaux conjoints avec vos ingénieurs et les nôtres
- Vérification et validation : relecture croisée par nos experts fiscal et technique
- Dépôt de la déclaration : intégration dans la liasse fiscale, suivi du remboursement
- Archivage sécurisé : conservation des justificatifs pendant 10 ans minimum
- Veille réglementaire : information sur les évolutions des taux, des conditions et des contrôles
Les erreurs fréquentes à éviter#
- Déclarer du développement logiciel classique comme R&D : l'intégration d'API, la refonte UX ou l'adaptation d'un framework existant ne sont généralement pas éligibles. L'éligibilité requiert une incertitude technique réelle et une démarche scientifique documentée.
- Ne pas tenir de fiches de temps par projet et par salarié : c'est le premier document demandé lors d'un contrôle. L'absence de time-tracking détaillé conduit systématiquement à un redressement.
- Inclure des sous-traitants non agréés : seule la sous-traitance à des organismes agréés par le Ministère de la Recherche est éligible au CIR.
- Négliger le rescrit : dans les zones d'incertitude sur l'éligibilité (projets IA, logiciels), le rescrit est le seul outil de sécurisation juridique absolue.
- Attendre la clôture de l'exercice pour commencer la documentation : la collecte des justificatifs doit être continue tout au long de l'année.
Exemples chiffrés / cas pratiques#
Cas 1 — Startup SaaS, 12 développeurs, CIR 380 000 €#
Une startup parisienne de 3 ans (CA 2,2 M€, 18 salariés dont 12 développeurs sur des projets IA) nous mandate pour son premier CIR. Notre audit d'éligibilité identifie 3 projets éligibles sur 5 présentés. Dépenses R&D éligibles : 1 267 000 €. CIR calculé : 380 100 € (30 %). Statut JEI en parallèle : exonération de charges patronales sur 8 développeurs = 136 000 € d'économie. Au total, 516 000 € de trésorerie préservée sur un exercice, soit 23,5 % du CA.
Cas 2 — PME industrielle, défense en contrôle, redressement réduit de 37 %#
Une PME de 45 salariés (CA 7,8 M€) ayant déclaré un CII de 150 000 € est soumise à un contrôle fiscal. Le vérificateur remet en cause 60 % des dépenses, faute de documentation suffisante. Notre intervention (dossier technique renforcé, correspondance argumentée, recours hiérarchique) réduit le redressement à 56 000 € au lieu de 90 000 € proposés initialement — soit 37 % de redressement évité.
Nos honoraires CIR/CII/JEI#
| Prestation | Fourchette indicative HT |
|---|---|
| Audit d'éligibilité (tarif fixe) | 1 200 € – 2 500 € |
| Constitution dossier technique + déclaration CIR (success fee inclus) | 5 % – 8 % du CIR obtenu |
| Rescrit CIR (rédaction + dépôt) | 2 500 € – 5 000 € |
| Assistance contrôle fiscal CIR | 3 500 € – 12 000 € selon complexité |
| Obtention et maintien du statut JEI | 800 € – 1 500 €/an |
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Pourquoi choisir Hayot Expertise ?#
- Spécialisation innovation : plus de 40 startups et PME innovantes accompagnées chaque année dans leurs démarches CIR/CII/JEI
- Double expertise : compétences fiscales (liasse, rescrit) et techniques (ingénieurs partenaires pour les dossiers R&D)
- Transparence : honoraires en partie au succès, alignés sur vos intérêts
- Défense renforcée : en cas de contrôle, accompagnement de l'analyse initiale jusqu'au contentieux si nécessaire
- Veille permanente : suivi en temps réel des évolutions doctrinales, rescrit-types et jurisprudences CIR
Questions frequentes
Peut-on bénéficier du CIR et du CII simultanément ?+
Oui, mais pour des projets distincts. Le CIR s'applique à la recherche fondamentale et au développement expérimental. Le CII s'applique à la conception de prototypes de produits nouveaux. Un même projet ne peut pas bénéficier des deux dispositifs.
Le statut JEI est-il compatible avec le CIR ?+
Oui, et c'est le cumul idéal pour une startup innovante. Le CIR rembourse jusqu'à 30 % des dépenses R&D. Le JEI exonère les charges patronales sur les salaires R&D. Les deux dispositifs sont parfaitement cumulables, ce qui peut représenter une économie totale de 40 à 50 % des coûts de R&D.
Comment obtenir le remboursement anticipé du CIR ?+
Les entreprises de moins de 3 ans, les PME en déficit fiscal et les entreprises en difficulté peuvent obtenir le remboursement immédiat du CIR. Pour les autres, le crédit est imputé sur l'IS des 3 exercices suivants, puis remboursé en numéraire.
Quel est le délai de prescription pour un contrôle CIR ?+
L'administration fiscale peut contrôler votre CIR pendant 3 ans après sa déclaration. Le Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche peut intervenir dans le même délai (double contrôle). Conservez tous les justificatifs pendant 10 ans minimum.
Mon logiciel développé en interne est-il éligible au CIR ?+
Cela dépend de la nature des travaux. Un développement logiciel est éligible s'il comporte une incertitude technique réelle et une démarche scientifique documentée (algorithmes nouveaux, architectures inédites). La simple programmation applicative ou l'intégration de bibliothèques existantes ne sont pas éligibles.
Le rescrit CIR est-il obligatoire ?+
Non, il est facultatif. Mais il est fortement recommandé pour les projets présentant une zone d'incertitude sur l'éligibilité, les gros montants (> 300 000 €) ou les entreprises ayant déjà subi un contrôle.
Peut-on récupérer des CIR sur des exercices antérieurs ?+
Oui, il est possible de déposer des déclarations rectificatives CIR dans le délai de reprise général (3 ans). Si vous n'avez pas déclaré de CIR sur des exercices passés alors que vous étiez éligible, une récupération rétroactive est possible sous conditions. Nous réalisons cet audit historique lors de notre première intervention.
Quelle est la différence entre CIR et aide Bpifrance ?+
Le CIR est un crédit d'impôt — il réduit votre impôt et peut être remboursé en numéraire. Les aides Bpifrance sont des subventions ou des prêts. Les deux sont cumulables (sous réserve du traitement en base CIR des subventions reçues).
Questions fréquentes
Peut-on bénéficier du CIR et du CII simultanément ?
Le statut JEI est-il compatible avec le CIR ?
Comment obtenir le remboursement anticipé du CIR ?
Quel est le délai de prescription pour un contrôle CIR ?
Mon logiciel développé en interne est-il éligible au CIR ?
Le rescrit CIR est-il obligatoire ?
Peut-on récupérer des CIR sur des exercices antérieurs ?
Quelle est la différence entre CIR et aide Bpifrance ?
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Article rédigé par Samuel Hayot
Expert-Comptable diplômé, inscrit au Tableau de l'Ordre des Experts-Comptables.
Cabinet d'expertise comptable et de commissariat aux comptes base a Paris 8, pense pour accompagner des entreprises partout en France avec une approche digitale et orientee decision.
Un cabinet réglementé pensé pour une demande business nationale
Cette page garde l'ancrage Paris 8 tout en parlant clairement aux entreprises partout en France qui veulent un cabinet plus direct, digital et utile pour décider.
Cabinet réglementé
Samuel Hayot est expert-comptable et commissaire aux comptes, inscrit à l'Ordre de Paris Île-de-France et à la CRCC de Paris.
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Cabinet basé à Paris 8, avec un mode de travail pensé pour accompagner des entreprises implantées partout en France.
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