Missions de l'expert-comptable en 2026 : bien plus que la tenue des comptes

À jour au 15 mai 2026. Relu par Samuel Hayot, expert-comptable inscrit à l'Ordre.

Beaucoup de dirigeants confient leur comptabilité à un expert-comptable pour la tenue des comptes et le bilan annuel, puis s'interrogent en cours d'année sur la limite de ce que leur cabinet peut faire. Cette confusion est compréhensible : le champ de la profession est vaste, encadré par l'ordonnance n° 45-2138 du 19 septembre 1945, et les missions possibles vont bien au-delà de la saisie des écritures.

Cet article cartographie l'ensemble des missions pouvant être confiées à un expert-comptable en 2026, depuis les obligations comptables de base jusqu'au DAF externalisé, en passant par le conseil patrimonial et les missions d'audit contractuel. Il précise également comment s'articulent ces missions avec l'avocat, le notaire et le conseiller en gestion de patrimoine (CGP).

L'ordonnance n° 45-2138 du 19 septembre 1945 constitue le texte fondateur de la profession. Elle définit :

• Le monopole de droit (article 2) : la tenue, la surveillance et la révision de la comptabilité, ainsi que l'établissement des comptes annuels et l'attestation de ces comptes en qualité d'expert-comptable, sont des prérogatives réservées aux membres de l'Ordre des experts-comptables.
• Les missions élargies : au-delà du monopole strict, l'expert-comptable peut réaliser toute mission connexe concourant à son activité principale : fiscal, social, juridique accessoire, conseil, organisation.
• Le secret professionnel (renvoyant à l'article 226-13 du Code pénal) : toutes les informations dont l'expert-comptable a connaissance dans l'exercice de ses missions sont couvertes par le secret professionnel.

Le Code de déontologie de l'Ordre (décret n° 2012-432 du 30 mars 2012) impose l'indépendance, la compétence, la loyauté envers le client et la confraternité entre membres. Il délimite également les situations d'incompatibilité, notamment avec la mission de commissariat aux comptes sur la même entité.

Notre lecture : l'étendue légale de la mission d'expert-comptable est très large. En pratique, la question n'est pas "peut-il faire cela ?" mais "a-t-il la compétence interne pour le faire sans risquer la qualité ?" Un cabinet généraliste et un cabinet spécialisé n'offrent pas le même périmètre effectif.

Les normes d'exercice professionnel (NEP) publiées par le Conseil supérieur de l'Ordre distinguent plusieurs niveaux d'assurance sur les états financiers :

2a. Mission de tenue comptable#

C'est la mission fondamentale : saisie des pièces comptables, imputation dans les journaux, lettrage des comptes, préparation de la balance et établissement des comptes annuels (bilan, compte de résultat, annexe). Elle inclut la révision interne des écritures et le contrôle de cohérence avant arrêté.

En pratique, la tenue comptable peut être intégralement externalisée ou partiellement déléguée. Le développement des outils comme Pennylane, Cegid ou Sage Cloud a déplacé une partie de la saisie côté client.

2b. Mission de présentation (NEP 911)#

La mission de présentation donne lieu à un rapport signé dans lequel l'expert-comptable atteste que les comptes annuels sont cohérents avec les informations fournies et ne comportent pas d'incohérences manifestes. Ce n'est pas une certification, mais c'est un signe de qualité reconnu par les banques et certains partenaires.

Le risque sous-estimé : beaucoup de dirigeants pensent que la signature de l'expert-comptable sur les comptes équivaut à une certification. Ce n'est pas le cas en dehors d'une mission formalisée de présentation ou d'audit. Sans lettre de mission explicite incluant ce niveau d'assurance, la signature de l'expert-comptable n'engage pas la même responsabilité.

2c. Examen limité (NEP 912)#

L'examen limité va plus loin que la présentation. Il comprend des demandes d'informations structurées, des procédures analytiques (comparaisons, ratios, cohérences inter-exercices) et l'identification d'anomalies significatives. Le rapport d'examen limité conclut qu'il n'a pas été relevé d'élément de nature à remettre en cause la régularité et la sincérité des comptes.

Ce niveau d'assurance est souvent demandé par les banques pour les lignes de crédit supérieures à 500 000 EUR, ou par des investisseurs lors d'opérations intermédiaires.

2d. Audit contractuel (NEP 100-700)#

L'audit contractuel procure un niveau d'assurance raisonnable, similaire à celui du commissariat aux comptes, mais sans caractère légal. Il implique des sondages, des confirmations de tiers, des tests de substance et une analyse des risques d'anomalie significative. Son coût est plus élevé, mais il est souvent incontournable dans les opérations de cession, de levée de fonds importantes ou d'acquisition.

3a. Établissement des déclarations fiscales#

L'expert-comptable établit l'ensemble des déclarations fiscales périodiques :

• TVA : CA3 mensuelle ou trimestrielle, CA12 pour le régime simplifié, déclarations EMEBI et DES
• Liasse fiscale IS : formulaire 2065 et tableaux annexes (2050 à 2059-H)
• Liasse fiscale IR/BIC-BNC : formulaire 2031 (BIC), formulaire 2035 (BNC), annexe 2042 C PRO
• CFE : formulaire 1447-C (création), 1447-M (modifications annuelles)
• DAS-2 : déclaration des honoraires, commissions et rémunérations versés à des tiers

3b. Rescrit fiscal et accompagnement contrôle#

L'expert-comptable peut préparer et déposer une demande de rescrit fiscal (article L80 B du LPF) pour sécuriser une position fiscale incertaine auprès de l'administration. En cas de contrôle fiscal, il assiste son client à tous les stades administratifs. Pour les phases judiciaires, la collaboration avec un avocat fiscaliste est recommandée.

3c. Examen de Conformité Fiscale (ECF)#

L'ECF est une mission conventionnelle encadrée par décret (décret n° 2021-25 du 13 janvier 2021) dans laquelle l'expert-comptable contrôle une vingtaine de points fiscaux prédéfinis et atteste de leur conformité. En échange, l'administration fiscale s'engage à ne pas rappeler les impôts sur ces points lors d'un contrôle ultérieur. Consultez notre article dédié sur l'Examen de Conformité Fiscale et le contrôle fiscal.

4a. Gestion de la paie#

L'expert-comptable établit les bulletins de paie mensuels, calcule les charges sociales patronales et salariales, et transmet la DSN (Déclaration Sociale Nominative) aux organismes de protection sociale avant le 5 ou le 15 de chaque mois selon la taille de l'entreprise.

La DSN est le canal unique d'alimentation de toutes les déclarations sociales : maladie, accidents du travail, retraite, chômage. Une DSN erronée ou tardive génère des pénalités et des anomalies dans les droits des salariés.

4b. Formalités d'embauche et de fin de contrat#

L'expert-comptable établit la DPAE (déclaration préalable à l'embauche), rédige les contrats de travail courants (CDI, CDD, temps partiel), et prépare les documents de fin de contrat (solde de tout compte, certificat de travail, attestation France Travail). Pour les contrats complexes ou les licenciements, la collaboration avec un avocat en droit social est recommandée.

4c. Conseil convention collective et charges sociales#

L'expert-comptable conseille sur le choix de la convention collective applicable, les classifications, les minima salariaux et les accords d'épargne salariale (intéressement, participation). Il calcule les coûts employeur totaux et structure — dans les limites légales — les éléments de rémunération exonérés de charges.

5a. Arbitrage rémunération / dividendes#

L'une des missions à plus fort impact pour un dirigeant de SASU ou SARL est l'arbitrage entre rémunération nette et dividendes. L'expert-comptable modélise les deux scénarios en tenant compte du taux marginal d'imposition, du statut social (TNS ou assimilé salarié), des cotisations dues, de la flat tax (31,4 %) et de l'impact sur la retraite.

5b. Choix de la structure juridique#

Avant ou lors d'une création, l'expert-comptable analyse le choix entre SASU, SARL, SAS, EI (régime unique depuis 2022), société civile ou structure collective. Cette analyse intègre le régime fiscal, le régime social du dirigeant, la protection du patrimoine personnel et les perspectives de développement ou de cession. Consultez notre article sur comment choisir son cabinet comptable en 2026.

5c. Cession et transmission d'entreprise#

L'expert-comptable intervient dans la valorisation de l'entreprise, la structuration de l'opération (cession de titres vs cession de fonds), le calcul de la plus-value et des régimes d'exonération applicables (article 150-0 D ter CGI pour les dirigeants partant à la retraite, pacte Dutreil), et l'accompagnement des négociations financières avec le cessionnaire.

5d. Arbitrage SCI IR / IS et montages immobiliers#

Pour les clients détenant de l'immobilier via une SCI, l'expert-comptable analyse l'arbitrage entre SCI à l'IR (transparence fiscale) et SCI à l'IS (amortissement du bien, taux IS réduit, mais double imposition en cas de distribution). Le bon choix dépend de l'horizon de détention, du besoin de liquidités et du profil fiscal des associés.

6a. Secrétariat juridique annuel#

L'expert-comptable assure la convocation et la tenue de l'assemblée générale ordinaire annuelle (AGO), la rédaction du procès-verbal d'approbation des comptes, le rapport de gestion simplifié et l'affectation du résultat. Ces actes sont obligatoires dans toutes les sociétés.

6b. Opérations sur le capital#

L'expert-comptable prépare les projets de résolutions pour les augmentations de capital, réductions de capital et transformations de forme sociale. Pour les opérations complexes (fusion, scission, apport partiel d'actif), l'intervention d'un commissaire aux apports est requise, en coordination avec un avocat.

6c. Conventions intra-groupe et réglementées#

Dans les groupes de sociétés ou les SAS, l'expert-comptable identifie les conventions relevant des articles L227-10 (SAS) ou L225-38 (SA) du Code de commerce, s'assure de leur autorisation préalable et rédige le rapport spécial correspondant. L'omission de cette procédure expose les conventions à une nullité potentielle.

7a. Création d'entreprise#

L'expert-comptable accompagne la création de toutes pièces : choix du statut, dépôt au registre du commerce via le guichet unique de l'INPI (formalites.entreprises.gouv.fr depuis 2023), ouverture du compte bancaire professionnel, paramétrage comptable et social initial.

7b. Cessation et dissolution-liquidation#

Lors de l'arrêt d'activité, l'expert-comptable établit les comptes de clôture, calcule les dernières obligations fiscales et sociales, accompagne les formalités de dissolution et de liquidation auprès du greffe.

7c. Audit d'acquisition (due diligence)#

Lors d'une opération d'acquisition (buy-side) ou de cession (vendor due diligence), l'expert-comptable réalise un audit financier couvrant la qualité des comptes historiques, la normalisation du résultat (retraitements EBITDA), les risques fiscaux et sociaux, et les engagements hors bilan.

7d. Business plan et prévisionnel#

L'expert-comptable établit des prévisionnels financiers (compte de résultat, bilan, plan de trésorerie sur 3 ans) pour les dossiers bancaires, les levées de fonds ou les appels d'offres. Un prévisionnel attesté par un expert-comptable dispose d'une crédibilité supérieure auprès des banques et des investisseurs.

7e. DAF externalisé / mission CFO à temps partiel#

La mission de directeur administratif et financier (DAF) externalisé consiste à confier à l'expert-comptable les fonctions de pilotage financier à temps partiel, typiquement de 2 à 5 jours par mois : clôture et reporting mensuel, présentation aux actionnaires, structuration du plan de financement, relation bancaire, accompagnement des opérations de croissance. Chez Hayot Expertise, cette mission est principalement activée pour les startups post-Série A et les PME en croissance rapide. Retrouvez plus d'informations sur notre page accompagnement stratégique et DAF externalisé.

8a. Migration et paramétrage ERP#

L'expert-comptable accompagne la migration vers des outils de comptabilité cloud (Pennylane, Cegid, Sage 100 Cloud, QuickBooks) : paramétrage du plan comptable, formation des équipes, mise en place des flux d'import de données. Une migration mal conduite crée des écritures en double, des anomalies de FEC et des difficultés lors des contrôles fiscaux.

8b. Intégration FEC, DSN et e-facturation#

Le Fichier des Écritures Comptables (FEC) est le format légal exigé lors d'un contrôle fiscal (article L47 A du LPF). L'expert-comptable s'assure que le logiciel du client génère un FEC conforme et sans anomalie. Il prépare également les clients à l'obligation de facturation électronique, dont le calendrier de déploiement progressif doit être suivi au plus près (à vérifier pour les dates définitives 2026-2027).

8c. Tableau de bord et pilotage#

L'expert-comptable construit des tableaux de bord personnalisés — via Power BI, Google Looker Studio ou les outils natifs des ERP cloud — permettant au dirigeant de suivre en temps réel son chiffre d'affaires, sa marge, sa trésorerie nette et son DSO.

L'expert-comptable s'articule avec d'autres professionnels pour couvrir l'integralite des besoins du client :

Notre lecture : la valeur ajoutée d'un bon expert-comptable tient aussi à sa capacité à orienter son client vers le bon interlocuteur au bon moment, et à coordonner les différents conseils pour éviter des contradictions ou des angles morts.

Cas 1 — PME parisienne, 1 M€ de CA, secteur services#

Une PME de 8 salariés active dans le conseil confie à Hayot Expertise une mission complète : tenue comptable (révision mensuelle des écritures saisies par la cliente via Pennylane), paie de 8 bulletins, TVA mensuelle, liasse fiscale IS, secrétariat juridique annuel, et ECF. L'ensemble de ces missions est formalisé dans une lettre de mission détaillant les délais, les livrables et les honoraires. En fin d'exercice, un entretien de clôture d'une demi-journée permet de passer en revue les résultats et l'arbitrage rémunération/dividendes du gérant.

Cas 2 — Startup, levée Série A de 3 M€#

Une startup SaaS en phase de croissance réalise sa première levée significative. Hayot Expertise intervient en trois temps : audit contractuel des comptes historiques (NEP 100-700) pour le data room des investisseurs, mission de DAF externalisé post-levée pour structurer le reporting mensuel, et accompagnement du déploiement d'un ERP adapté à la montée en charge. La mission DAF inclut la présentation trimestrielle des comptes au conseil d'administration.

Cas 3 — Entrepreneur en cours de cession#

Un dirigeant de 58 ans souhaite céder sa PME industrielle (4 M€ de CA) dans un délai de 18 mois. Hayot Expertise conduit : un audit préalable à la cession (vendor due diligence), une normalisation du résultat EBITDA sur 3 ans, un calcul du régime fiscal de la plus-value (dont l'exonération partielle liée au départ à la retraite, article 150-0 D ter CGI), et la coordination avec le notaire pour la structuration patrimoniale post-cession.

Toutes les informations communiquées à l'expert-comptable dans le cadre de ses missions sont couvertes par le secret professionnel (article 226-13 du Code pénal). Cette obligation s'applique à l'ensemble des collaborateurs du cabinet, sans exception. Le secret professionnel cède uniquement dans les situations prévues par la loi : dénonciations LCB-FT obligatoires, réquisitions judiciaires formelles, ou levée du secret par le client lui-même.

• E-facturation : le calendrier de déploiement obligatoire de la facturation électronique (ordonnance du 15 septembre 2021, modifiée) doit être suivi au plus près — les dates initiales ont été reportées. Votre expert-comptable doit anticiper la transition vers une Plateforme de Dématérialisation Partenaire (PDP) ou le portail public Chorus Pro.
• IA et automatisation : les outils de catégorisation automatique des transactions réduisent la saisie manuelle mais créent de nouveaux risques d'anomalie si leurs règles d'imputation ne sont pas vérifiées. L'expert-comptable doit réviser systématiquement les propositions automatiques avant arrêté.
• ECF : depuis 2021, l'ECF est une opportunité de sécurisation fiscale sous-utilisée par les PME. En 2026, il reste l'un des meilleurs leviers pour réduire le risque de redressement.
• FEC et contrôle dématérialisé : les vérifications de comptabilité à distance (VADF) se développent. Un FEC mal structuré est détecté en quelques heures par les logiciels de l'administration. S'assurer que le logiciel comptable génère un FEC conforme n'est plus optionnel.

Cet article est fourni a titre d'information. Il ne remplace pas l'analyse personnalisee de votre situation par un expert-comptable, qui seule peut tenir compte des specificites de votre entreprise, de votre activite et du droit en vigueur a la date de votre decision.

Sources : Ordonnance n° 45-2138 du 19 septembre 1945 (Legifrance) — NEP 911, NEP 912, NEP 100-700 (Conseil superieur de l'Ordre) — Code de commerce art. L227-10 (Legifrance) — LPF art. L80 B (Legifrance) — Code penal art. 226-13 (Legifrance) — experts-comptables.fr — Decret n° 2021-25 du 13 janvier 2021 (ECF).