Dépenses éligibles au CIR : guide complet 2026

Sont éligibles au CIR : les dépenses de personnel de recherche (chercheurs, techniciens), les amortissements des biens affectés à la R&D, un forfait de fonctionnement de 40 % du personnel et 75 % des amortissements, et la sous-traitance agréée (plafond de 10 M€, ou 2 M€ si lien de dépendance). Taux : 30 % jusqu'à 100 M€, 5 % au-delà.

Mise à jour avril 2026 - Le crédit d'impôt recherche (CIR) représente plus de 6 milliards d'euros de soutien annuel à l'innovation des entreprises françaises. Mais son efficacité dépend d'un point simple : la qualité de l'assiette déclarée. Savoir identifier les dépenses éligibles CIR est la clé pour maximiser votre crédit d'impôt tout en restant conforme à la doctrine fiscale.

En 2026, la doctrine BOFiP mise à jour le 13 août 2025 (BOI-BIC-RICI-10-10) reste la référence pour déterminer quelles dépenses de recherche entrent dans le calcul du CIR. Ce guide détaille chaque catégorie éligible, les taux applicables et les pièges les plus fréquents relevés lors des contrôles fiscaux.

L'essentiel : Les dépenses éligibles CIR comprennent les dépenses de personnel de recherche (chercheurs, techniciens), les dotations aux amortissements des biens affectés à la R&D, les dépenses de fonctionnement (calculées forfaitairement à 40 % des dépenses de personnel et 75 % des amortissements) et les opérations de recherche externalisées auprès d'organismes agréés. Attention : la loi de finances 2025 a sorti de l'assiette, pour les dépenses exposées à compter du 15 février 2025, les frais de brevets et les dépenses de veille technologique, et a ramené le forfait de fonctionnement de 43 % à 40 % des dépenses de personnel. Le taux du CIR est de 30 % jusqu'à 100 M€ de dépenses et 5 % au-delà (50 % dans les DOM).

Le CIR est régi par l'article 244 quater B du Code général des impôts. Il concerne les entreprises industrielles, commerciales et agricoles imposées d'après leur bénéfice réel, qui engagent des dépenses de recherche et développement.

Le mécanisme est le suivant :

• 30 % des dépenses de recherche dans la limite de 100 millions d'euros ;
• 5 % des dépenses excédant ce plafond.

Pour une entreprise déclarant 500 000 € de dépenses de recherche éligibles, le crédit d'impôt s'élève donc à 150 000 € (500 000 × 30 %). Ce montant vient en déduction de l'impôt sur les sociétés dû. Si le CIR excède l'IS, le solde est remboursable pour les PME au sens communautaire (moins de 250 salariés, CA < 50 M€ ou bilan < 43 M€). Pour les autres entreprises, l'excédent est reportable sur trois exercices.

Les activités éligibles se répartissent en trois catégories définies par le manuel de Frascati, repris par la doctrine BOFiP :

• Recherche fondamentale : travaux expérimentaux ou théoriques sans application pratique spécifique ;
• Recherche appliquée : investigations visant à acquérir de nouvelles connaissances en vue d'une application déterminée ;
• Développement expérimental : travaux systématiques fondés sur des connaissances existantes pour fabriquer de nouveaux matériaux, produits ou procédés.

Point de vigilance : Le développement itératif classique (amélioration incrémentale d'un produit existant) ne relève généralement pas du CIR. Il faut démontrer la présence de verrous technologiques non résolus et d'une démarche expérimentale.

Les dépenses de personnel constituent en pratique le premier poste de l'assiette du crédit d'impôt recherche. Elles représentent souvent 60 à 80 % du total déclaré.

Qui est concerné ?#

Le sort de chaque catégorie de personnel, dans la proportion du temps consacré à la R&D éligible, est le suivant :

• Chercheurs : cadres ou experts concevant et dirigeant les travaux de recherche ;
• Techniciens de recherche : personnel contribuant à la mise en œuvre expérimentale des projets ;
• Chefs de projet et responsables de laboratoire : uniquement s'ils ont la qualification requise et participent directement et personnellement aux travaux de recherche (ils sont alors assimilés à des chercheurs) ;
• Personnel de soutien : il est expressément exclu de l'assiette par la doctrine, ses coûts étant réputés couverts par le forfait de fonctionnement de 40 % ; seul l'entretien des appareillages de recherche peut relever de la définition du technicien de recherche.

Quelles rémunérations intégrer ?#

L'assiette inclut l'ensemble des éléments suivants, dans la proportion du temps consacré aux opérations de recherche :

• salaires bruts et traitements ;
• avantages en nature ;
• cotisations sociales patronales légales et conventionnelles à caractère obligatoire ;
• intéressement et participation.

En revanche, la doctrine administrative ne retient ni les stock-options ni les attributions gratuites d'actions : ne les intégrez pas à l'assiette. Seule une décision de première instance récente, non définitive, a admis les actions gratuites ; la position est trop fragile pour fonder une déclaration.

La règle de la traçabilité du temps#

C'est le point le plus sensible lors d'un contrôle fiscal. L'entreprise doit être en mesure de justifier la part du temps de chaque salarié affectée à la R&D. Les outils acceptés par l'administration incluent :

• feuilles de temps individuelles ou collectives ;
• comptes-rendus de projets ;
• contrats de travail précisant la mission de recherche ;
• organigrammes fonctionnels par projet.

Exemple concret : Une ESN de 120 salariés affecte 15 ingénieurs à un projet de R&D sur l'optimisation algorithmique. Le temps passé est tracé via un outil de gestion de projets avec imputation hebdomadaire. Si ces 15 ingénieurs consacrent en moyenne 70 % de leur temps au projet éligible, seules 70 % de leurs rémunérations entrent dans l'assiette CIR.

Les dotations aux amortissements des biens corporels affectés à la recherche sont éligibles, sous certaines conditions.

Biens concernés#

• Équipements et outillages : machines de test, prototypes, serveurs de calcul, instruments de mesure ;
• Bâtiments : uniquement dans la proportion de leur surface affectée à la recherche (la doctrine limite cette prise en compte).

Règles spécifiques#

• Seule la dépréciation économique (amortissement linéaire) est retenue ;
• Pour les biens utilisés partiellement pour la recherche, seule la quote-part d'utilisation est éligible ;
• Les biens amortis selon un mode dégressif font l'objet d'un retraitement.

Cas pratique : Une startup biotech acquiert un spectromètre de masse à 250 000 €, amorti linéairement sur 5 ans. La dotation annuelle de 50 000 € entre intégralement dans l'assiette CIR si l'appareil est exclusivement dédié à la R&D.

Les dépenses de fonctionnement ne sont pas déclarées au réel. Elles sont calculées forfaitairement, ce qui constitue un avantage significatif pour les déclarants :

• 40 % des dépenses de personnel de recherche (taux abaissé de 43 % à 40 % par la loi de finances 2025, pour les dépenses exposées à compter du 15 février 2025) ;
• 75 % des dotations aux amortissements éligibles.

Ce forfait couvre l'ensemble des frais indirects : fournitures de laboratoire, énergie, documentation scientifique, frais de publication, déplacements liés aux projets de recherche. Aucun justificatif complémentaire n'est requis pour ces dépenses forfaitaires, ce qui simplifie considérablement la constitution du dossier.

Illustration : Pour 300 000 € de dépenses de personnel et 60 000 € d'amortissements éligibles, les dépenses de fonctionnement forfaitaires s'élèvent à (300 000 × 40 %) + (60 000 × 75 %) = 120 000 + 45 000 = 165 000 €. L'assiette totale atteint alors 525 000 €, générant un CIR de 157 500 €. Avec l'ancien forfait de 43 %, la même situation donnait 174 000 € de frais de fonctionnement et un CIR de 160 200 € : la baisse du forfait coûte ici 2 700 € de crédit d'impôt.

Dépense par dépense : éligible ou sortie de l'assiette en 2026#

Les dépenses confiées à des tiers sont éligibles, mais leur traitement est strictement encadré par la doctrine BOFiP (BOI-BIC-RICI-10-10-20-30).

Prestataires éligibles#

• Organismes de recherche publics ou assimilés (universités, CNRS, Inserm, CEA, etc.), agréés par le ministre chargé de la recherche ;
• Organismes de recherche privés agréés ;
• Experts scientifiques ou techniques individuels agréés.

Depuis les dépenses exposées à compter du 1er janvier 2022, l'agrément est exigé de tous les prestataires, y compris les organismes publics. La liste des organismes et experts agréés est consultable sur le site du ministère chargé de la recherche.

Plafonds applicables#

Les dépenses externalisées sont prises en compte :

• dans la limite de trois fois le montant total des autres dépenses de recherche éligibles de l'entreprise ;
• et dans la limite d'un plafond global de 10 millions d'euros par an lorsque le prestataire n'a pas de lien de dépendance avec l'entreprise, ramené à 2 millions d'euros en présence d'un lien de dépendance (le seuil dépend du lien de dépendance, non du caractère public du prestataire).

Attention : le doublement des dépenses confiées à des organismes publics, longtemps présenté comme le principal atout de la sous-traitance publique, a été supprimé pour les dépenses exposées à compter du 1er janvier 2022. Les dépenses sont désormais retenues pour leur montant réel.

Important : Une entreprise qui ne réalise aucune opération de R&D en interne ne peut pas fonder l'intégralité de sa déclaration CIR sur des dépenses externalisées. La doctrine exige une implication directe du déclarant dans les travaux de recherche.

Facturation et documentation#

Chaque facture doit détailler précisément :

• la nature des travaux de recherche confiés ;
• le lien avec les projets de R&D du donneur d'ordre ;
• le coût correspondant à chaque opération.

Une convention écrite doit encadrer la relation entre le donneur d'ordre et le prestataire, en précisant notamment la propriété intellectuelle des résultats.

Au-delà des postes principaux, plusieurs catégories complémentaires viennent enrichir l'assiette CIR :

Frais de brevets : sortis de l'assiette depuis le 15 février 2025#

C'est le changement le plus mal connu de ces dernières années. Les frais de dépôt, de maintenance et de défense des brevets et des certificats d'obtention végétale (taxes INPI ou OEB, honoraires de conseils en propriété industrielle, frais de traduction pour les extensions internationales) ne font plus partie de l'assiette du CIR pour les dépenses exposées à compter du 15 février 2025 : la loi de finances 2025 les a purement et simplement supprimés du dispositif. Les anciens plafonds spécifiques de 60 000 € par an (l'un pour les primes d'assurance de protection juridique couvrant les litiges de brevets, l'autre pour la veille technologique) n'ont donc plus d'objet ; les frais de prise et de maintenance de brevets, eux, n'étaient pas plafonnés avant la réforme.

En pratique, une entreprise qui reprend telle quelle sa déclaration de l'an dernier prend le risque d'une assiette surévaluée, donc d'un rappel assorti d'intérêts de retard. Ces frais restent bien sûr des charges déductibles du résultat imposable : ils sortent de l'assiette du crédit d'impôt, pas de la comptabilité.

Veille technologique : également sortie de l'assiette#

Même sort pour les dépenses de veille scientifique et technologique (abonnements à des bases de données scientifiques, participation à des colloques et salons professionnels, abonnements à des revues spécialisées) : elles ne sont plus éligibles au CIR pour les dépenses exposées à compter du 15 février 2025, et l'ancien plafond de 60 000 € par an n'existe plus.

Le même texte a supprimé le régime de faveur « jeune docteur » (qui permettait de doubler les dépenses de personnel des jeunes docteurs pendant leurs deux premières années). Les rémunérations concernées restent éligibles, mais pour leur montant réel.

Normalisation et rédaction de normes#

Les dépenses exposées dans le cadre de la participation à des commissions de normalisation sont éligibles, sous réserve que les travaux visent à établir des normes techniques liées aux activités de R&D de l'entreprise.

Dépenses de sous-traitance en innovation (CII)#

Attention à ne pas confondre CIR et Crédit d'Impôt Innovation (CII). Le CII, réservé aux PME au sens communautaire, concerne les dépenses de conception de prototypes et d'installations pilotes de nouveaux produits, sans exigence de recherche au sens de Frascati. Le taux du CII est de 20 % en métropole (60 % dans les DOM, 35 % ou 40 % en Corse), avec un plafond d'assiette de 400 000 € par an, soit un crédit maximal de 80 000 € par an. Le dispositif est prorogé jusqu'au 31 décembre 2027. Une entreprise peut cumuler CIR et CII sur des projets distincts, mais jamais sur les mêmes dépenses. Précision utile, car l'erreur est fréquente dans les business plans : le statut JEI ne majore ni le taux du CII, ni son plafond.

L'administration fiscale examine les déclarations CIR avec une attention particulière. Voici les motifs de rejet les plus courants observés lors des contrôles :

• Qualification erronée des travaux : développement itératif ou adaptation de solutions existantes qualifiés à tort de recherche expérimentale ;
• Absence de justification scientifique : le dossier technique ne démontre pas l'existence de verrous technologiques ni la démarche expérimentale ;
• Traçabilité du temps insuffisante : aucune imputation horaire ou des estimations globales non documentées ;
• Prestataire non qualifié : sous-traitant ne disposant pas de l'agrément ministère ou ne relevant pas des catégories prévues par le CGI ;
• Dépenses de fonctionnement déclarées au réel au lieu du forfait ;
• Pièces contractuelles manquantes : absence de convention écrite avec le prestataire ou factures non détaillées.

Conseil Hayot Expertise : Un bon CIR ne se défend pas seulement avec un montant. Il se défend avec une méthode scientifique rigoureuse, un dossier technique complet et une assiette fiscalement propre. La notice 2069-A-NOT-SD (impots.gouv.fr) et le guide du CIR publié chaque année par le ministère chargé de la recherche détaillent les attendus du dossier justificatif à conserver.

Le CIR est cumulable avec plusieurs aides à l'innovation :

• Statut Jeune Entreprise Innovante (JEI) : exonération totale des cotisations patronales d'assurances sociales et d'allocations familiales sur les personnels de R&D, jusqu'au dernier jour de la 7e année civile suivant celle de la création, cumulable avec le CIR. Cette exonération sociale n'est pas soumise au plafond des aides de minimis (les exonérations fiscales du statut, elles, le sont : 300 000 € sur trois exercices glissants depuis le règlement UE 2023/2831). En revanche, le statut JEI n'ouvre plus d'exonération d'impôt sur les bénéfices pour les entreprises créées à compter du 1er janvier 2024, et il ne majore pas le taux du CIR ;
• Subventions publiques : les dépenses subventionnées sont exclues de l'assiette CIR, mais le reste à charge reste éligible ;
• Crédit d'impôt innovation (CII) : cumul possible sur des opérations distinctes, jamais sur les mêmes dépenses ;
• Crédit d'impôt en faveur de la recherche collaborative : dispositif distinct du CIR, applicable aux contrats de collaboration conclus avec des organismes de recherche agréés. Les dépenses retenues à ce titre ne peuvent pas être déclarées une seconde fois au CIR. Attention : il n'existe aucun taux de CIR majoré au titre du statut JEI, et le doublement des dépenses confiées à des organismes publics a été supprimé pour les dépenses exposées à compter du 1er janvier 2022.

Pour élargir la réflexion, voyez aussi Nouveaux dispositifs fiscaux en 2026, notre guide Financement d'entreprise 2026 et la page pilier Fiscalité 2026.

Nous aidons à identifier l'assiette CIR, à fiabiliser la documentation et à articuler le volet fiscal avec la réalité opérationnelle du projet. Notre méthode comprend un audit préalable de vos dépenses de R&D, une analyse de l'éligibilité scientifique de vos projets au regard de la doctrine BOFiP, et un accompagnement complet dans la constitution du dossier technique et de la déclaration fiscale (formulaire n° 2069-A-SD).

Sécuriser votre dossier CIR avec Hayot Expertise

En 2026, les dépenses éligibles au CIR ne doivent pas être lues comme une liste théorique. Elles doivent être confrontées aux faits, aux pièces justificatives et à la doctrine fiscale applicable. Avec un taux de 30 % sur les 100 premiers millions d'euros, le crédit d'impôt recherche demeure l'un des dispositifs de soutien à l'innovation les plus généreux au monde. Mais cette générosité s'accompagne d'une exigence de rigueur : chaque euro déclaré doit être traçable, justifié et conforme aux textes.

(Sources officielles : CGI article 244 quater B — Code général des impôts ; BOFiP BOI-BIC-RICI-10-10 — doctrine fiscale des dépenses de recherche éligibles, mise à jour du 13/08/2025 ; entreprendre.service-public.gouv.fr — Crédit d'impôt recherche (CIR), fiche F23533 ; économie.gouv.fr — aides et financements pour le CIR ; Ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche — guide du CIR annuel ; impots.gouv.fr : notice 2069-A-NOT-SD ; Légifrance — article 244 quater B du CGI)